小翔刚刚回到家，还没有来得及走进自己的小洋楼，雪儿就发来了紧急联络。原来，本源世界，新的剧场版的剧情爆发了。
法恩斯，很多人都不清楚这个地方。但是，对于炼金师们来说，这里却是一个了不起的圣地。因为这里，是丰缘地区炼金术的起源地。
传说，丰缘地区来自天外的炼金技术，包括神奇宝贝魔法，超进化石，都是在这里诞生的。而这里，还有另一点也很让人在意。那就是，传说神奇宝贝基拉祈的传说。
据说，基拉祈只有一千年才会醒来一次。醒来后，它会吸收千年彗星的力量，反哺给大地。从而使得法恩斯保持欣欣向荣的状态。而今年，正是千年彗星再次临近神奇宝贝星球的时候。
为了观看千年彗星出现的那一瞬间，本源世界，小智一行人临时变更路线，前往法恩斯附近即将举办“千年彗星庆典”的游乐场。只是，当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现，这里只有一片荒凉的空地。
大家本来以为，是指南出了问题，或者他们走错了路。但是，深夜时分，当大家都在睡梦中的时候，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。
那借助超能系神奇宝贝和超能力者的帮助而迅速铺展开的，如表演一样的庆典会场，让小智他们觉得非常震撼。就凭这一点，他们这趟就没有白来。
而看到这样的场景，小智忍不住想起小翔来。似乎小翔，就很擅长使用超能力。他超能系的神奇宝贝，也很强。甚至超梦，都让他给收服了。
“不知道，小翔会不会来这里……”小智看到眼前的景象，小声嘀咕道。
“小翔，那是谁？”本源世界的小胜问道。
“嗯，是小智的劲敌，非常厉害的训练家，并且总是和传说神奇宝贝们打交道。”小刚听到小胜的问题，解释道。
“传说神奇宝贝？”小胜有点惊讶。
“是呀。虽然小翔很厉害，但我却不是想要在这里见到他。因为，凡是他出现的地方，基本上，就会发生什么大事件。那样的话，这里的庆典会场，恐怕就要遭殃了。”
小刚理所当然的认为，招惹之前那些事件的元凶，是小翔。但实际上，真正招来这些麻烦的，是他旁边这位看起来要普通得多的小智同学。小翔，只是每次都赶过来救场而已。
如果小翔不到来的话，上次水都守护者剧情中的哥哥拉帝欧斯，说不定就像动画中那样挂掉了。
小翔的事情，小智和小刚只是稍微提了一下。毕竟平时没有多少交集，小遥和小胜更是完全不认识小翔。这里不好多说。
小胜虽然喜欢看对战视频。但是，小翔在石英大会的视频，不知为何被神奇宝贝联盟禁止播放了。所以，小胜完全不知道小翔的事情。
众人在庆典上好好玩了一阵。在游乐场的小市上，小遥还买下了一款“圆梦之星”的挂饰。据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候，愿望必定会达成。
也不知道，小遥许的是什么样的愿望。可能是关心家人的健康，也可能是为了祈求接下来的华丽大赛能够顺利……
庆典的最后项目，是著名魔术师巴特勒和其助手黛安的魔术表演。小智他们不知道这个魔术表演的深入意义，就傻傻地去看了。实际上，这个表演的目的，是为了挑选心灵纯洁的孩子，然后借由他的手，让封闭在结晶中的基拉祈苏醒过来。
小胜，最终被巴特勒选中。而他，也确实让基拉祈从结晶中醒了过来。不过，短暂的惊喜之后。这次的奇迹，引发的是一连串的祸端。
巴特勒，是丰缘地区炼金师的遗民。他拥有一点点的超能力，但野心却和他的祖先一样大。
没错，他想要得到固拉多。不过，他想要得到固拉多的方式和其它人都不同。他相信，固拉多已经死了。或者现在的固拉多，并不是史前的那一只。而他可以通过自己设计的完美系统，就像复活化石神奇宝贝那样，复活固拉多。
为此，他甚至加入了火岩队。不过，最终因为实验过程中能量不足的问题，导致实验失败。火岩队，也放弃了他的方案，转而寻找可以控制固拉多的红色宝珠。
巴特勒不甘心，他相信自己设计的系统是完美无误的。实验失败，只是因为能量不足而已。为此，他想出了另一个方法：利用基拉祈来夺取千年彗星的力量，为他的实验提供充足的能量。
小遥和基拉祈的快乐玩耍只持续了一天。第二天，巴特勒便派出他的神奇宝贝军团，对基拉祈出手了。尽管提前预知到危险的野生阿勃梭鲁前来阻止，还是没能避免基拉祈被抢走。要不是因为巴特勒的尝试性实验出了故障。小智他们可能根本没有办法救回基拉祈。
不过，即便如此，基拉祈的状况也很糟。不得已，小智他们在巴特勒的助手黛安的带领下，驱车向法恩斯基拉祈沉睡的地方而去。也许到那里，基拉祈就能恢复健康。而基拉祈再次沉睡的话，说不定就能阻止巴特勒的野心。
小智他们那边的状况虽然非常紧急，但是，却没有办法惊动到雪儿那边。因为，这件事情，没有惊动媒体，也没有惊动其它传说神奇宝贝。
要不是第七天，巴特勒抓住基拉祈，启动装置后，没有复活固拉多，而是制作出一只恐怖的，破坏生态的触手怪，然后引起了第四序列图腾的警觉的话。小翔可能永远都不知道，本源世界那边已经发生了剧场版的剧情。
当小翔来到本源世界法恩斯的时候，时间已经到了夜晚。本来，小翔在自己的世界告别小智他们的时候，就已经是黄昏了。他连晚饭都没来得及吃，赶到这里的时候，事情已经发展到了最严峻的阶段。
“超梦，暴风雪！”
“急冻鸟，绝对零度！”
在来这里之前，小翔就已经安排好了神奇宝贝的出战阵容。并且，小翔还让超梦使用了冥想，将特攻能力提升到了最高。
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