昊天得了混元金斗，自感机缘了得，却是不知因果转到了他的身上，尚是欢喜的不得了，又自金斗之内发现九曲黄河阵阵图，心中一阵紧张，神念入了玉简一看，不觉一阵窃喜，自思，如果把这大阵炼成为天庭所用，那天庭实力岂不大升，急忙将金斗藏了起来，准备日后将此阵祭炼成功，作为天庭镇宫之阵。红云以神念，洞彻九天，看着他手舞足蹈的样子，一阵的冷笑，且让你乐上几日，早晚有你哭的时候。再不去管他，将神识融入虚空，继续参悟天道。
就在红云融入虚空，静悟天道之时，一道电光，环绕北斗枢星，一闪而过，如此异象，让红云一时兴起，轻轻的掐算起来，一番推算之间，却是知道了原由，却是人皇位登大宝。
这第三位人皇轩辕氏乃是人族有熊部落的族长。这轩辕的母亲叫做附宝。有一天晚上，附宝见流星划过天际，照耀了整个天空。附宝见此异像，正在欢喜之见，那颗流星就掉落了下来，附宝由此感应而孕。怀胎24个月后，生下一个小儿，这小儿就是现在的黄帝。黄帝一生下来，就显得异常的神灵，生下没多久，便能说话，且聪慧异常。阐教圣人元始因推算到轩辕天生灵慧，将是第三位人皇，人族也是在他的最后定伦下，方走向大兴，便派了大弟子广成子到人界教导轩辕，传授轩辕修行玉清仙法，掌控人族繁衍生息的各种生活技能，好带领人族进一步兴起。这轩辕到了十五岁，对玉清仙法的修行已然有了小成，再加上他对人族的生活现状不满，不断的吸收新的知识，以期来改变人族的生存状态，后来他以自己的智慧和深厚的修为给部落做了很多好事，得到了部落中大多数人的支持，便被推选成了有熊部落的族长。因他发明了轩冕，故称之为轩辕。又因他以土德称王，土色为黄，故称作黄帝。
有熊部落在轩辕的带领下，一天比一天强盛，他制礼兴乐，教化百姓，还发明各种器具用物，方便日用。其中，他发明了上衣，鞋子使百姓们从此不再穿兽皮树皮所做的衣服；根据浮叶飘于水上的道理作了舟船，并配上舟揖行于水上；又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通；又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥；再以后他又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处；黄帝又与歧伯作内外经，使百姓疾患得以治愈。另外，他还确定了天下万物的名称，划分星度为二十八星宿，以甲乙十天干纪日，以子丑十二辰来纪月，而六旬为一甲子。如此又有时空观念。轩辕的一系列改革，给有熊部落带来了重大的转变，有熊部落的百姓实现了“甘其食，美其服，乐其俗，安其居。”一派太平景象。
轩辕的一番举动，引起了人皇神农的注意。最初神农氏看到有熊部落的生活比其他部落的生活好的太多了，只是有点吃惊。在神农氏一番深入的了解之后，得知有熊部落的发展都是在轩辕的带领下进行的，便把注意力转向轩辕，经过神农的一番考察，神农感到轩辕聪慧过人，而且为人无私，他不断的发明新的物件，正逐渐改变着人们的生活水平，如果把人族交给轩辕，人族会再加兴旺。于是神农招集了人族的各大部落，通报了轩辕的功绩，决定禅让人皇之位与轩辕，得到了部落首领们的拥护，神农祭拜过天地之后，将人皇印转交给了轩辕，轩辕正式成为人皇，天降异象，有无数金花散落，却是上天有感，人皇伏羲骑龙马跨界而来，在祭天大典上，给了轩辕鼓励和祝福，带着神农氏回转了火云宫。
红云轻轻的想着人皇轩辕一事，知道轩辕登位，必将与巫妖九黎部落有一番血战，看来天道确实不让巫族存于凡世，天道不藏私啊，如果巫族都入了幽冥界，安置于地府之中，那这巫族可全族存活，如果不入地府，天道自是灭之。红云轻轻一叹，此乃功德之事，且让众弟子历练一番，积攒一些功德也好，学以致用，方是正途。想罢，红云用神念招来众弟子，众弟子于老师座前一字排开，静候老师传下法喻。红云把目光的扫过众人，心中感叹，修行本是逆天而行，却要顺天承事，真是难呀，遂开口说道：“人族轩辕氏，位登大宝，成就第三位人皇，教化人族，人族因我而成，却是与我风火岛有一番因缘，天机已显，人族大兴，必将与巫族九黎部落之间有一番争斗，我等修士须顺天承事，帮助人族过此难关，所以我召你等前来，乃是准备派你们去那凡人界，协助人皇解决与巫族九黎部落的争斗，好助你等修行。”说完将目光停在了苍颉身上，从乾坤鼎中一座宝塔取出递与苍颉道：“此宝名为日月梭，乃后天演化先天之宝，可攻或守，且与你防身；又取出一把尺子和一件霞披递与了女织道：“此衣为霞披可护身，此法宝名为元阳功德尺，也是后天演化先天而成，可与你防身，又从鼎内取出一支棍子，乌黑透亮，把这棍子给了六耳说道：“你身俱玄功，用不着法宝，这根棍子名为一气风雷棍，重二万四千斤，可与你做件兵器。这次让你等去那凡人界，也是为了你等积攒一番功德，所以俱要用心，事成之后，速速回来，不要耽搁。”说完将一众弟子打发了出去。
红云送走了众弟子，却是思量，这些弟子功力法宝却是有了，只是很少出门，经验却是少了很多，争斗之间，却是容易吃亏，想到这里，红云一抖乾坤鼎，鼎中闪出一道白光，落地化成一个神兽，却是红云在天庭所收的妖族大圣白泽，这白泽自巫族大战之后，受了重伤，知妖族天庭已毁，妖族四散，眼看不活之时，被红云所救，感红云大恩，甘愿给红云做那座骑，红云内心良善却不愿做那欺压弱小之事，便也不把他当做座骑，自不去用他，将他置于鼎内，日夜于鼎内修养元气，恢复修为，此番弟子出行，心中放心不下，却是把白泽放了出来。这白泽见红云相召，以为红云要出行，轻轻一低首，俯了下来，红云呵呵一笑道：“白泽你且未如此，我今召你前来，却是我众多弟子出行，心中怕出事端，故想请你于暗中做一照看。”白泽一听，轻轻点头，一转身出了如一宫，驾起祥云，消失于天际之间。
黄帝位登人皇便开始划分州野，加强中央集权，此时，九黎部落与人族之间的矛盾越来越激化，这九黎部落却是巫族的一个分支，为巫族之中实力较弱的巫众组成，当年众圣齐聚划分三界，将这些实力低微的巫众送到了凡人界，这些巫众虽然于巫族之间实力较弱，但对比人族来说，却是身坚力悍，这些巫众聚集于一起成立了九黎部落，繁衍生息，在这凡人界扎下根来。人族大兴，统率四海，而这九黎部落以巫族后裔自居，看不起人族，在大巫蚩尤的带领下，不服人族管教，诛杀无辜，是故大战一触即发。
轩辕黄帝对巫族九黎部落残杀人族，抢夺人族生存空间一事，十分气恼，遂顺应民意，征召各路诸侯兵马讨伐九黎部落。人族虽然已显大兴之兆，修行的人族也越来越多，可凡人界灵气不足，修行有成的人却是不多，因此轩辕带领人族讨伐大巫蚩尤的争战一直进行了十五年，也未能打败蚩尤，无奈之下，轩辕黄帝只好退兵。
十五年的争战，消耗了人族大量的物资，也损失了数十万人的性命，然而十五年下来，战争却仍然没有结果，这让轩辕黄帝忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他，以消灭蚩尤，结束战事，把精力放在发展生产上。就在轩辕皇帝最为烦心的时候，门外有将士通传，风火岛红云圣人门下弟子十人齐至，请见人皇。这轩辕一听，心中大喜，知红云圣人与人族有大渊源，曾教授人族生存之技艺，如此人族才得以生存发展下来，此时圣人派人前来，怕是争战之事将有结果，急忙带领众多诸候首领，跑出营仗来迎接公明等人。轩辕出了营仗，看到公明等人，带领众人倒地就拜道：“人族轩辕恭祝红云圣人万寿无疆，人族得红云圣人僻护，传授生存之技能，方能繁衍至今，我等于肺腹之内感圣人大德。”公明等人见轩辕带领人族行如此大礼，俱思这人族却是知恩，难怪老师这等偏护与他，心下虽然满意，却也不好过份折损这轩辕。公明为众人之师兄，急忙向前扶起轩辕道：“人皇且末如此，家师并未至此，不至行此大礼，只是家师知人族与九黎之族争战，有此难关，今天机已现，故派我等前来，助人皇了结此争战，还人族之大兴。”公明这话一说，轩辕心里这个美呀，想什么来什么，正愁争战之事，却有圣人门下上门来帮助解决，想来是天佑人族。不及细想，急忙将公明等人请进营仗之内，命人摆下酒宴，为公明等人接风洗尘。
公明等人虽有莫大神通，却对排兵布阵一事知之甚少，知之为知之，不知为不知，这是老师早就教导过的，故当轩辕让公明坐那帅位之时，公明很有自知之明，言道自己等人不曾懂得排兵布阵，对战场的大势了解不多，凭借一些神通武力，于战场之上做一番争斗可以，但让自己等人执掌全军却是力所不及，遂推了轩辕好意，称若有所遣当不负众望。轩辕见公明不肯执掌帅位，知众人乃德行高尚之人，也不作做，连年的大战，让人族苦不堪言，早些时日结束此战，却是为今后的发展打好基础。所以轩辕黄帝以风后为相，主持后勤供应，以力牧为统兵大将，分兵四路开始大举进攻蚩尤，
蚩尤为巫族九黎部落首领，凶猛骠悍，共有九九八十一个兄弟，个个人面兽身铜头铁额四目六臂头生双角，平日里以沙石铁块为食，善于制造兵器，并且神力过人，此时蚩尤听说黄帝集人族全族之力，再次兵分四路进攻九黎部落，心中大恨，急忙召集了部落中的巫众和山林水泽间的魑魅魍魉等鬼怪，组成大军，向黄帝的进攻发起了反击。很快，双方在涿鹿摆开了阵势。蚩尤是巫族，巫族天生擅长操控天地间的力量为自己所用，面对黄帝的进攻，蚩尤摆出了毒雾阵，把黄帝的军队围困起来。这下，可让黄帝犯起愁来，与这蚩尤尚未交战，就被四面八方的浓雾所笼罩，兵将们连东南西北都分不清，这仗还怎么打呢？无奈之下，黄帝只好到后帐找到公明，上得前来先行一礼道：“道友，这蚩尤乃是巫族，天生能操控天地间的力量为其所用，这营仗四周俱是毒雾，我之将士出了大营，即不分南北，这可如何是好，还望道友为轩辕解惑。”公明一听，也是犯愁，自己兄弟虽然自幼修行，却是不曾能控制这天地气象，轩辕来问自己，自己却解决不了，这如何是好，当下陷入沉思之中，苦苦思虑解决之办法。正在为难之际，只听苍颉说道：“师兄，老师赐我日月棱，形如日月，我自祭炼之时，见其日总为东方，其月总于西方，如此我等可以此为鉴，制造一物事，指定南北，不就可以辨明方向了吗？”公明一听大喜，取了日月梭查看其日月旋转之特性，并遂将旋转之规律记录下来，制成了指北车，送与黄帝，黄帝以指北车为指引，出动大军，一举打破蚩尤的毒雾封锁，一番大战，斩敌数万，黄帝取得了交战以来的第一场胜利，全军士气一时大增。