几年前万历皇帝驾崩，东林党着重下注培养的太子朱常洛即位泰昌皇帝，便因为一朝权势在手迷失，每天沉沦于女人堆里，只当了一个多月的皇帝便重病不起，不过在这一个月多的时间里，泰昌大力提拔东林党，使其彻底成为文官各党派的唯一胜利方。
不知是某些势力有意为之，还是不小心，有人给病重的泰昌进献红丸仙丹，说能治百病，结果泰昌吃下后直接一命呜呼。
泰昌死后朱由校即位，成为天启皇帝，朱由校心里清楚，不能让文官一家独大，所以大力支持魏忠贤，建立阉党，与满朝东林党分庭抗礼。
有魏忠贤的帮助，朱由校确实坐稳了皇位，还利用阉党的力量搜刮财富勉力支撑朝堂，可惜随着党争的晋级，东林党不仅仅是简单的拖后腿，发展到后面凡是阉党提出的建议一概否决，无论建议好或不好。
太监本身就不是什么清正廉洁的人，魏忠贤掌权后为自己捞取钱财，为家人谋夺权势。魏忠贤做事太糙，为了给他擦屁股，还要朱由校亲自出面。魏忠贤如此，阉党自然有样学样，如此便向世人展示了贪官污吏的一面，可以说真小人。
东林党就聪明多了，他们虚伪，充当伪君子。利用文官儒家自身的舆论优势，一方面将自身塑造成被打压的一心为国的忠贞人士，另一方面大肆宣扬阉党的丑恶行径，无论是阉党还是东林党干过的丑事都按在阉党头上。
世人对阉党的感官极度厌恶，一些自命不凡，不了解真实情况，自以为为国为民的读书人就被东林党所利用。这些人中也包括宫内的太监，读过四书五经的或在宫外经历过苦难的太监。
东林党与东厂太监勾结，改动天启皇帝乘坐的宝船，使天启皇帝落水，自此一病不起。本以为天启皇帝很快就会病死，到时候他们一手培养的朱由检就能顺利继位，没想到一等好几个月天启皇帝依然不死，于是东林党也为天启皇帝献上一枚仙丹，果然见效，天启皇帝一吃就死。
沈炼，参加过辽东萨尔浒之战，本已兵败被俘，侥幸逃脱，还解救两名同袍：陆文昭与郭真。惨败和同袍大批战死极大刺激了三人，沈炼回京后继承父亲百户之位不争不抢，陆文昭和郭真则立志改变世道。
陆文昭花重金成为锦衣卫千户，郭真则自阉入东厂当太监，他二人身份的改变信王朱由检出了很大力，并且朱由检多次宣扬阉党祸国殃民，只有剪除阉党，众正盈朝才能救大明，才能让百姓过上好日子，陆文昭与郭真信以为真。
最后陆文昭从中调节，郭真改动宝船结构，最终促使天启皇帝落水。事情办完了，阴谋必不能暴露，所以参与此事的人都要死。
沈炼从陕西返回，卢剑星与靳一川又被外派苦差事，沈炼则碰上郭真死亡之案。案子还没查出个眉目，沈炼闻听陆文昭派人消灭东林党北斋。他喜欢北斋的画作，鬼使神差跟着去了，结果发现北斋是个女人。
受命杀人的凌云铠见女人美貌想用强，沈炼看不下去阻拦，凌云铠顺势诬陷沈炼为北斋东林同党，沈炼知道后果，不得已只能杀了凌云铠，并救下了北斋。
杀了魏忠贤的侄子凌云铠使沈炼胆战心惊，殊不知北斋是更大的麻烦。
北斋全家被阉党残害，自己被教坊司收纳，对阉党恨之入骨，所以被朱由检看重，不但收入房中还鼓动其参与剪除阉党。
郭真给宝船动手脚的行动全由北斋内外沟通，郭真死了，北斋自然也要死。于是朱由检命令陆文昭想办法处死北斋，没想到被沈炼破坏。
陆文昭和沈炼认识，不能与沈炼见面，也不想害这个救命恩人，所以让朱由检的护卫，也是自己的师妹丁白缨解决。
丁白缨将此事告知朱由检，朱由检顺势让她逼迫沈炼，烧了锦衣卫案牍库，这里面有宝船监造纪要，能查出宝船被人动了手脚，是个祸害。
杀锦衣卫等同谋反，夷三族。沈炼不得已只能设法烧毁案牍库，不过在烧之前他意识到案牍库内有重要文书，联想到京城近期的大事，找到了宝船监造纪要，并由此联想到整个事件的脉络。
明白自身的处境，沈炼只觉得浑身冰冷。什么贤王，什么东林党忠贞报国都是假的，不过是为了皇帝大位的阴谋家。
本就混吃等死的沈炼萌生退意，写信卢剑星、靳一川表示自己要远离京城这个是非之地。
为求脱身，沈炼主动找到朱由检送上宝船监造纪要，朱由检闪过一念之仁愿意放过沈炼。然而为保皇位稳固，在魏忠贤的提醒下还是决意杀掉沈炼和一干知情人士，包括陆文昭与丁白缨。
朱由检首先命令陆文昭与丁白缨劫杀沈炼，随后由魏忠贤指派田尔耕与徐显纯带领锦衣卫大部队将剩余的人全部杀死。
“陆兄，你不要逼我。”
“沈炼，不是我要逼你，有些事注定要死人。”
“砰砰砰！砰砰砰！”沈炼终于掏出一直保存的左轮，一枪一个将除陆文昭与丁白缨之外的所有人都打倒在地。
“沈炼，你这是什么火器？”陆文昭大惊，赶忙拉着丁白缨躲了起来。
沈炼身边的裴纶惊喜道：“沈炼，有这好东西怎么不早拿出来？”
裴纶可以说被牵连遭受无妄之灾，本来他是锦衣卫南镇抚司百户（沈炼他们是北镇抚司），专门查自己人。因其朋友殷澄被沈炼逼死，想要查出真相，故而一直跟着沈炼，随后牵扯凌云铠事件，以为一切都是沈炼搞鬼，结果不知不觉陷入谋杀天启皇帝的阴谋，无法自拔。
“有些事一句话说不清。”
“那快走吧，等安全后慢慢说，我们有的是时间。”
“沈炼，全天下都有我们的人，你逃不了！”陆文昭起身高呼，企图拦住沈炼，沈炼又赏了他几个子弹，打中他的手臂，只能再度躲在石头后面。
“沈炼、裴纶、陆文昭图谋不轨，一个也别放过，拿着人头来领赏！”本以为逃出生天，结果锦衣卫大部队到了，将众人团团围住。
陆文昭以为里面有什么错误，起身正欲解释，结果被箭雨射伤，丁白缨率先清醒：“师兄，信王要清除一切知情人，我们也是。”
陆文昭目瞪口呆，瞬间面如死灰，他正要上前送死，突然听到一阵炒豆声。
“敌袭！敌袭！”
“有埋伏！”