关于司马迁这位中国古代大文豪的出生具体时间，到现在为止也是众说纷纭。而对于他的生年，主要有两种观点。一种是张守节、王国维等学者主张的生于汉景帝中元五年，也就是公元前145年。另一种是司马贞、桑原骘藏、郭沫若等主张的生于汉武帝建元六年，就是公元前135年。前145取自《太史公自序》的《正义》，所依据的是唐代张守节《正义》注称：“太初元年，迁年42岁。”太初元年（公元前104年）往上推42年，则是景帝中元五年（公元前145年）王国维，梁启超等主此说。前135取自《太史公自序》的《索隐》，依据晋代张华《博物志》称“大夫司马迁，28岁古六月乙岁卯，石也”。也就是说，汉武帝元封三年（公元前108年），司马迁升为太史令，年28岁，由此上推二十八年，即武帝建元六年（公元前135年）应为司马迁生年。郭沫若等主此说。一般采用前说。持“建元六年说”者，千方百计证明《博物志》是对的，而认为张守节《正义》的记载是错误的。理由主要有以下几点：其一，《博物志》该条所录的是汉代记籍簿，它记载着司马迁的姓名、年龄、居住地、官爵、拜官年月和俸禄等等。如此详细而真切，是录自汉代文书，其真实无疑。这是一种原始材料，它的价值远远超过一般史书中的材料。其二，司马迁《报任安书》中有一句话：“今仆不幸早失二亲。”如按《正义》所言司马迁生于景帝中元五年，元封元年（公元前110年）其父司马谈死时，司马迁应是36岁。
按常理，36岁死去父母说不上“早失二亲”。如按《博物志》所言，司马迁生于武帝建元六年，即26岁父死，说早失父母尚说得过去。其三，司马迁《报任安书》作于征和二年（公元前91年），如果他生于景帝中元五年，这一年应是55岁，他做郎中是在20岁左右邀游各地回来后的事，那么，他应该说待罪辇毂下30余年了。显然，司马迁不会连自己做过的事都记不清楚。只有晚生10年，即武帝建元六年，才符合其说。持“景帝中元五年说”者除依据张守节的《正义》外，还提出以下几个问题或论据。其一，王国维在《太史公行年考》中认为后人引用《博物志》所以年“二十八”应是“三十八”之误。《正义》注称太初五年，司马迁“处四十二”是正确的。其二，根据《史记?游侠列传》所载武帝元朔二年（公元前127年），下令将各地毫强和资财三百万缗以上的富户迁往茂陵，郭解财产不多，也被强行迁徙，司马迁也见到郭解，他说：“吾观郭解状貌不及中人，言语不足采者。”若司马迁生于建元六年，当时年仅九岁，决不可能对人有如此深刻的观察和心理活动。如果按司马迁生于景帝中元五年，年龄为十九岁，似更合适。其三，根据《汉书?儒林传》，司马迁曾向孔安国学习古文，然据《史记?孔子世家》和《资治通鉴》，孔安国在元朔二年为博士，元朔二年司马迁年方九岁，一个九岁的孩子是不可能去太学向一个经学大师求教和商量问题的。
如果生于景帝中元五年，此年十九年，似较合理。司马迁生平经历的争议很多，出生年代是争论最多的。司马迁担任的太史公是崇天迷信的汉武帝设立的，也是他削弱丞相权力的权谋。太史公具体职权不同于西汉汉宣帝以后到东汉时期的太史令。集解如淳曰：“汉仪注太史公，武帝置，位在丞相上。天下计书先上太史公，副上丞相，序事如古春秋。迁死后，宣帝以其官为令，行太史公文书而已。”。《汉书》记载：太史试学童，能讽书九千字以上，乃得为史。又以六体试之，课最者以为尚书、御史、史书令史。他的女儿是汉昭帝丞相杨敞夫人，《汉旧仪》、《西京杂记》等记载直到汉宣帝时候，太史公这个职务才不再由司马迁子孙担任，所以也有认为司马迁没有被汉武帝判处宫刑，汉武帝这样迷信的皇帝不会把自己为崇天敬神设立的太史公下蚕室。很多史料也记载李陵只是司马迁荐举任职，而司马迁可能在李陵投降匈奴以前就去世了。司马迁在汉武帝时期担任太史公兼中书令，去世后他的子孙依然以世官担任太史公，直到汉宣帝时期废除太史公，降为太史令，取消了司马氏世官太史的地位。西汉的汉文帝时已经废除了肉刑、相坐的刑法，司马迁不论是因为替李陵辩解（并非诅咒贰师将军），还是因为荐举了李陵而获罪，都不会被问死罪，而所谓汉景帝本纪言辞的问题也不存在，在当时史官是独立于皇帝的，皇帝无权察看史官的记载，司马迁记载的汉朝很多恶行实录，都是在这种中国古代的史官特权下得以保存下来。
直到东汉时期皇帝才开始干预史官记载，设置兰台令史负责史书，不再让太史负责记载历史。汉武帝对太史是非常尊敬的，不仅提升为太史公，而且由司马氏作为世官世袭，司马谈、司马迁，以及司马迁子孙一直担任太史公，直到汉宣帝时期。而关于司马迁的出生地，到现在学术界也有很大的争论。《太史公自序》云：“迁生龙门，耕牧河山之阳。”此龙门在何处，历来有两种不同的观点，一说在今陕西韩城，一说在今山西河津县。最早持陕西韩城说者是唐代的张守节，他在《史记》“正义”中说：龙门山在夏阳县（今韩城）。同时，韩城嵬东乡徐村住有冯、同二姓，均自认为是太史公后裔。他们自称，原本为司马姓氏，因为司马迁受宫刑，后人为避祸，改了姓氏：在司马的“司”字左边加一竖，成为“同”字；在“马”字左边加两点，成为“冯”字，并列陕西韩城芝川镇司马迁庙为佐证。持山西河津县说者认为，自古以来，龙门（包括龙门山、禹门口）都记载在山西河津县。黄河自西北而东南出禹门口，急转弯由北而南流去，正是司马迁所说的“耕牧河山之阳”的地方。据悉此处曾有“汉太史司马故里”碑，只可惜此碑兴修水利时被毁之。而且现在该村仍有司马姓氏的居民。