国会通过了对日本和荷兰宣战的提案，那么下一步也就是出兵的俱体安排和兵力布置。其实这些工作在前期也做了不少，各方面的准备工作，由其是对日本的准备，基本都已经完成，可以说是随时都可以出兵。
虽然这次是同时对日本和荷兰两国宣战，但在俱体的战术安排上，还是首先征服曰本，然后再驱逐荷兰。但就在第一次战争准备会议上，商毅又扔出了一颗重磅炸弹，这次进攻曰本，商毅决定要御驾亲征。
在收取了长江六省之后，商毅除了一次远征吕宋之外，基本就没有亲临第一线指挥作战了，就是在与清廷进行中原大战的时候，商毅也只是到凤阳驻扎，近距离的通盘掌握战局，但也是在后方遥控，就定离最近的战场还差着二百多里。
虽然商毅并不像某些穿越的前辈，喜欢对曰本搞什么大屠杀、灭种亡国之类的事情，而且还收了一名日本美女填充自己的后宫，但商毅对日本确实没有什么好感，相反还相对的憎恶，当然这也是一个正常中国人的共同点。只可惜在另一时空里，商毅是一名特种兵战士，一共执行了十多项作战、反恐任务，打死的恐怖份子不下百人，但从来没有和日本作战过，有两次到是接到了战备，但最终还是没有打成。
而来到这个时空之后，中华军曾二次进攻曰本，三度与日军交战，均取得了全胜，消灭的鬼子不下十万人，但可惜这三次作战，商毅居然都没有参与。因此商毅虽然说在两个时空里，都算是久经战场，但却都沒有真正的和日本打一仗。
如果说在另一时空里，商毅只是一个优秀的特种兵战士，国家战略的事情，轮不到他做主，而且在那个国际环境下，中日两国也确实很难真正的爆发战争。那么在本时空里，商毅己经是中国的最高统治者，己经俱备了发动战争的能力，而且国际局势更不再是拦路虎，现在中国也正式决定，向曰本宣战，因此商毅也不希望放弃这个可以弥补自己心愿的机会。更何况这是一次以征服日本为目标的战斗。
在另一方面，丰臣余众将在这次战斗中发挥重要的作用，而做为丰臣余众的名议首领，精神核心的丰臣薰，如果能够也出现在日本，当然就能把丰臣余众的作用发挥到最大。但现在丰臣薰己是商毅的嫔妃，总不能一个人这么抛头露面去曰本，而如果商毅御架亲征，那么丰臣薰做为傍驾的嫔妃一起出征，也就顺理成章了。同时还能借助商毅的威势，提高丰臣薰在日本的身价。商毅把丰臣薰娶进皇宫来，也有很大一部原因就是为现在准备的。
因此于私于公，商毅都觉的自己这次确实应该御驾亲征日本。
不过商毅的这个决定也理所当然的遭到了内阁众人的一致反对，因为内阁众人认为这次进攻日本，虽然也十分重要，但并不是什么关乎到帝国生死存亡的关建战斗，商毅并没有以御驾亲征的方向来提升士兵士气的需要，而且中华军也有足够的将材、帅材，能够担任这次的战斗任务，商毅就留在南京，控制指挥就行了。
而且出征日本不同于其他战争，需要跨海作战，虽然说现在中国的航海技术并不逊色于郑和下西洋的时代，而且中华军也己经有两次跨海进攻日本的经验，但在大海中航行，仍然是一件十分危险的事情，在三百多年以前，元军渡海进攻曰本，全部葬身海底，也就是前车之鉴，可以说一但发生了危险，在茫茫大海上，逃都没有地方可逃。而现在商毅己是一国之君，万一有什么闪关，那么刚刚建立的帝国就有亡灭的危险，因此内阁认为在这个时候，商毅并不该御驾亲征日本。是一个最主要的原因。
商毅也知道，众人说的确实有道理，而自己的两个理由，都是没法说出口的，但商毅还是不打算改变自己的决定，毕竟出海作战的事情，商毅也经历过不少，比曰本更远的吕宋都到过，因此商毅也不相信，自已的运气会差到这个地步，这一次出海就会出事。要知道自已可是穿越者，一般穿越者都是运气超好的人。
但内阁的众人毕竟也是在为自已着想，因此最后商毅也只好高举双手，做投降状，道：“各位爱卿，朕知道你们所说的都是为了朕的安全着想，这样吧，仅此一次，下不为例，这次出征曰本之后，朕就绝不在有御驾亲征之举，你们看如何。”
话都说到了这个份上，其他人还能再说么呢？毕竞商毅也是皇帝，因此王夫之也只付苦笑了一声，向商毅施了一礼，道：“如果皇上执意要御驾亲征，臣等也只能依从，不过皇上在出征之前，还是要将国内各项事务都安置妥当为好。否则臣等纵死，也要阻止皇上这次御驾亲征。”
商毅点了点头，他明白王夫之的意思，其实现在帝国的体制，就是沒有皇帝，各项政务，国家运行也能够维持得下去，因此王夫之的意思是让自已先安排好接班人,为了以防万一，毕竟打战的事情很不好说，什么都有可能发生。好在现在自己也有三个儿孑,虽然都还没有到可以被策立太子的年纪,但暂时确立一个接班人,还是可以做到的。因此也点头同意。
于是双方各让了一步，御驾亲征的事情也就这样确定下来。
回到内宫之后，商毅又向后妃们说明，这次出兵日本，自己将要御驾亲征，而且丰臣薰将随自己一同出征。众后妃们到也没有什么异议，她们对商毅的信心，到是比大臣们要足得多。只是咛属商毅路上小心，注意安全之类。
不过这时亚莉桑徳拉也提出要求，这一次自己也要陪商毅一起出征。这个要求也得到了众后妃的一致赞同，因为亚莉桑徳拉本来就是军人出身，以前也经常领军出征，中华军进攻萨摩藩的战役，就是由她带队指挥的，有她一起去，也能帮商毅一把，再加上丰臣薰，在商毅身边有两个人陪着，也能够让人放心一些。
商毅当然不会反对亚莉桑德拉也跟着去，因为她不仅有在日本战斗的经验，而且还十分精通航海和水战，带她一起去，遇到事情，还可以有人商量一下，而亚莉桑徳拉的女儿商娥也快满四岁了，亚莉桑徳拉也可以放心的把女儿留在皇宫里，托其林凤舞照看。
随后商毅又宣布，立不满四岁的商寰为监国，当然监国只是一个名号，并不管事，其实商寰现在也管不了事，这样做只是表示，一但商毅这次出征有意外，那么商寰就可以继存皇位，将帝国延续下去。
众后妃们对这样的安排也并沒有异议，因为这并不是说这次出征日本有多么危险，商毅要安排好后事，而是凡事都要防止万一，而商毅虽然有三个儿子，但商寰最年长，另两个还在吃奶，因此也只能立商寰为监国。
后宫的事情处理好之后，也就开始布置这次出征的兵力和战术。
经过了内阁、国防部、统战部的开会商议之后，也做出了决定，这次出征日本的陆军，将出动山东军区第九军、北京军区第十一军，海军将出动北洋舰队第一、第二分舰队。分为南北两路向曰本发动进攻。
南路将由山东军区第九军和北洋第一分舰队组成，从登州出发，在九州岛登陆，首先占领九州岛，作为这次中国进攻曰本的基地，随后进攻四国，对本州岛的中部形成危胁，而北路由北京军区第十一军和北洋第二分舰队组成，首先到达中国在朝鲜的军事基地釜山，并以釡山为后方，渡过对马海峡，直接在本州岛的西南部登陆，首先救援受徳川军进攻的长州藩，然后两路合击，由西南向东北发动进攻。
同时由北洋舰队的第三分舰队付责运送物资、保障后勤等工作事务。
而商毅御驾亲征，也从皇宫护卫军中抽调了一个师、一个旅做为商毅的护卫兵力，而海军部也调集了以一级战列舰岳飞号，和三级巡洋舰四艘、四级驱逐舰二艘、五级护卫舰二艘，另外加上辅助战船四艘，一共十三艘舰队，成商毅的专门御驾舰队。
御驾舰队首先随南路军进攻九州岛，然后再到达本州岛，和北路军汇合，在本州岛指挥作战。
而在对荷兰方面，给吕宋曾派南洋舰队第三分舰队，帮助李华梅舰队，首先守住吕宋这一线，阻止荷兰再援助曰本，并且在吕宋积累物资、粮食、弹药，为下一步进攻巴达维亚，驱逐荷兰做好准备。
另外冈萨雷斯伯爵本来是打算返回欧州,一听说中国要进攻日本,也不觉勾动了一颗老军人的战斗情绪,因此也决定暂时停止回国,也参加这一次战斗。商毅对此也不会拒绝，于是在御驾亲征的人员中，又加上了冈萨雷斯伯爵的名字。