因为按照吴甡的想法，孙传庭出关，独立对付李自成，这都是陈演一力主张的结果，现在出现了败绩，自然也就该由陈演来承担责任，那厶他这內阁首辅的位置自然就保不住了。而自己出京督师之后，连败李自成和张献忠两人，虽然追击张献忠让他跑掉了，但毕竟是把张献忠打得全军覆沒，和陈演相比起来，不亚于天地之差，那么等皇帝下旨，让自己率军北上去对付李自成，收拾残局的时候，恐怕也只能任命自己为内阁首辅了。
同时，吴甡对和李自成做战，还是颇有信心的，因为李自成在几个冃以前，就是商毅的手下败将，现在商毅又从南京得到了一批火铳火炮，自然实力又上了一级台阶，再战李自成，自然是不在话下了。吴甡甚致都在计划，是不是不等朝廷的圣旨下来，先调集人马，去进攻襄阳，切断李自成的归路，等圣旨来了之后，再挥师北上，迎战李自成的大军。这样平定叛乱，自己可是第一功啊。
想到这里，吴甡心里也不禁颇为兴奋，因此立刻写信给商毅，让他尽快结束杭州的战事，准备领军西进，去进攻襄阳府。
商毅接信之后，也冷笑不止，他这时也以经收到了孙传庭郏县大败的消息，看来李自成北上的进程和另一时空里的历史十分吻合，如果这段历史真的没有什么变化，那么现在孙传庭早就死在潼关了，孙传庭一死，自已再西进攻取襄阳以经没有任何意义了，这可不比几个月前，李自成可以在毫无后顾之忧的情况下，全力回军来迎战自己。尽管商家军战斗力出众，但毕竟人数太少，一但闯军实行多点进攻，切断自己的后勤线，恐怕也很难以取胜，最多是和李自成长期对耗下去，这样的结果，对自己同样不利。
更别说商毅跟本不打算西进，明朝还是像在另一时空里那样灭亡了算了，自己还是抓紧这最的时间，积极准备着清军入关以后的战事吧。
当然商毅也不能像左良玉那样，把吴甡的命令不当一回事，对他保持一定礼节上的尊重，还是完全有必要的。
因此商毅立刻给吴甡回信，首先说明，浙江叛乱尚末完全平定，不能立刻进军，同时告诫吴甡，如今李自成兵多将广，而且又新近取胜，士气旺盛，不可轻易取胜，万一西进攻取襄阳不果，而浙江南京有个闪失，以前所立的功劳也就付诸了流水，孙传庭的前车之鉴不可不察，最好还是等朝廷有正式的圣旨下来，再做决定。
吴甡也不是笨人，收到了商毅的信之后，立刻明白，商毅现在是不想出兵了。但商毅在信中所说的理由也是不无道理，皇帝是什么样的个性，吴甡自然是十分清楚，如果自己冒然出兵，进取襄阳，仗打羸了到是还好，万一要是打输了，或者是僵不下的时候，浙江、南京还有凤阳这边出点什么事情，自己也是吃不了兜着走。正所谓物极则反，月盈则亏，自己南下督师以后，立下的功劳以经不小了，就算攻下襄阳，打败了李自成也不过是锦上添花而己，相反一但出一点什么意外，说不定就一下孑被打入底谷，万劫不复了。
因此吴甡越想就越是觉得商毅说的有道理，自己还是太冒进了一点，现在可千万别出这个头，还是按兵不动，先把南京、浙江、凤阳一带守好，不求有功但求无过，等着朝廷的圣旨下来了再说。那样一来，自己可就没有什么责任了。
就在吴甡呆在南京，等待着朝廷下旨的时候，这时北京的紫禁城中以经是一遍大乱了。
孙传庭在郏县惨败的消息传到朝中的时候，不亚于在金銮殿上扔下了一颗手榴弹，全殿一遍哗然，崇祯同样十分震怒，因为这时孙传庭己退守到潼关，因此崇祯也暂时没有考虑换将增兵的事情。只是下令削去孙传庭的督师、尚书职务，但仍令其以陕西总督的身份收拾残余人马固守潼关。不久，又升白广恩为援剿总兵官、挂荡寇将军印，拔给兵员三万，与孙传庭一道守关，以阻止李自成进入陕西。
而这时己有人向朝廷建议，可以调吴甡和商毅北进中原，阻挡李自成进军，同时命左良玉出兵进攻襄阳，对李自成形成三面夹击之势。
但到了这候，內阁首辅陈演还怕调吴甡北进之后，抢了功劳，回朝取代自己的首辅位置，因此极力反对调吴甡北上。理由是规在浙江叛乱、项城兵变，危胁到南京和凤阳，吴甡坐镇江南也不可轻动，万一南京、凤阳有失，谁能担待得起。而孙传庭虽然兵败，但可退守潼关，而且潼关天险，易守难攻，闯军未必就能攻下，不可轻易调吴甡北上。
同时又有大臣还向皇帝建议，不访调山海关的吴三桂率剖入关，守卫潼关，迎战李自成。因为现在清朝幼君新立，国事不稳，未必能轻易出兵入关侵袭，而吴三桂部兵马尚多，抽调一万人马入，余兵仍可支撑山海关的局面。崇祯对这条建议到也颇为动心，再不能调吴甡北进的情况下，调吴三桂入关，也不失为一条可行之计。但他并没有直接下令，而是命令大臣商议后再决定是否实行。
但陈演又一次提出了反对，兵部待郎张缙彦也持此态度，他们都担心，虽然现在清朝是幼主登基，但摄政王多尔衮可也不是个好惹的主，万一吴三桂率精兵入关，谁敢担保清军不会趁虚而入，到时候不仅宁远等地不保，就连山海关能否守得住，也成了问题。当初陈演一力主张孙传庭出关迎战李自戌，结果大败而归，现在如此重大之事，哪里是他能够负得了责的，因此陈演还是请皇帝圣栽。
说白了就是不管是调吴甡还是吴三桂，俺们说了不算，皇帝您自已拿主意，但要是出了问题，俺们可不负责任了。
结果崇祯也不敢轻易担这个责任，于是下旨招集所有大臣，一起聚议，希望能有一个结果。那知满朝大臣聚齐之后，也是各述己见，一开始还是都在讨论正事，但很快就变成了互相攻击，又成了什成天理、人欲、君子小人之争。崇祯听得头昏眼花，好久之后才发现，又偏题了。
结果连续几天，朝廷都在这样的吵闹声中渡过，一议再议，不断的扯皮拉筋，始终都沒有得出一个结果。而且连计划拔调给白广恩部的三万兵员，也沒有人理了。
而战局却不会因为明朝大臣的争吵和拖延而停止，进入十月之后，击败孙传庭，稍做了修整的李自成立刻和刘宗敏率领大军，向潼关发动进攻，同时还命一路偏师，由邓县取道商洛地区，进攻陕西，约定在西安城下汇合。
这时在潼关中，孙传庭的残部只有一万余人，而且全军的士气低落，朝廷答应拔调的兵员又迟迟未到。潼关虽有天险，但也万难守住。首先是高杰和白广恩被李自成击败溃逃，潼关也随即失守。孙传庭率领残兵，退守到了渭南，企图继续固守，而李自成也毫不放松，率军继续追击，渭南城破，孙传庭当场阵亡。白广恩、陈永福先后投降李自成。
而孙传庭的另一员部将高杰，因为当初他诱拐了李自成的妻子，给李自成戴了顶绿帽子，因此自知是投降必死，于是先从潼关退回陕北，招集孙传庭的余部，然后南逃淮西地区，后来被凤阳总督马士英收为己部。而李自成却率领大军，进攻西安。
等到这个消息又传到北京之后，朝中还在为调吴甡北上还是吴三桂南下的事情而争吵不休，这一下次满朝无语，就连崇祯也傻了。原来他们都以为孙传庭虽然在郏县大败，但守住潼关还是可以的，那样局势还不算太糟，却没有想到这回连潼关也失守了。
不过虽然上报孙传庭战死，但尸体始终还没有找死，因此崇祯还抱以一丝侥幸心里，认为孙传庭或许没死，还会收拾人马，整军再战，于是崇祯下令对孙传庭不予赠荫、哀悼。一直到十一月，这个消息才最终证实，崇祯也不禁悲痛之极。但又耽误了一个多月的时间。
而崇祯又迁怒于首辅陈演，将郏县惨败所有过失都推到陈演身上，下旨将他革职，改由魏藻徳出任首辅。这时又有大臣提议，调吴三桂或吴甡救应。崇祯虽然也同意调其中一人，但并未言明调谁，而是令魏藻徳率内阁决意。有陈演的前车之鉴，魏藻德那里还敢决议，议了几天之后，反而向崇祯建议，派人赴关外、南京两地，当面询问吴三桂和吴甡的意见，然后再做决议。崇祯也下旨照办。
在此期间，崇祯又任命兵部待郎余应桂出任陕西总督。又下令宣大总督、山西巡抚协剿这个时候余应桂那里还敢到陕西去上任，脸如土色，推托不往。而宣大总督、山西巡抚也都避之不及，都推说饷乏马缺，不肯应承。
时间就这样也一天天的过去，大明朝的气数将尽了。