当然南京朝廷在混乱之中，到也不是没干一点正事，首先是要崇祯帝确定庙号和谥号，不过正事也是在争论不休中完成的。
首先给崇祯定庙号是思宗烈皇帝，但南京守备勋臣赵之龙认为这个庙号不是太好，上奏要求改动。朱由崧先是不许。而礼部侍郎余煜对据理力争，说了一大通之乎者也之类的话，也不知道朱由崧听沒听懂，反正争论了一番之后，终于改谥毅宗正皇帝。
而在最关键的对外政策方面，无论是东林党还是马士英，却都保持着高度的一致性，奉行借虏灭寇的政策，即借清军的力量，剿灭大顺军。
当然，南明朝廷在这时提出借虏灭寇政策，到并不完全是出于对形势的误判，当时信息不通也有一部原因。吴三桂献出山海关、投降清军的事情，只是一面之辞，现在还沒有得到南明朝廷的确认，至少从表面上看，也可以理解为吴三桂借来清军，大败李自成，是为崇祯报仇的举动，甚至可以说是一心为明朝社稷的不贰功臣，也不为过。而且清军当入关时，也打得是为明朝报仇的旗帜。而灭亡明朝，攻入北京，逼死崇祯皇帝的是大顺军，因此南明朝廷上下都认为，自己的首要敌人是大顺军而不是清军，为先帝报仇雪耻才是最重要的，
同时，在目前南明朝廷內部关系尚未完全理顺的情况下，和满淸讲和，并借助吴三桂的力量，联合清军打击大顺军，实行借虏灭贼的政策，并天真地认为此举可以使清军与大顺军在交战中两败俱伤，而南明朝廷趁机坐收渔利，不失为一种可行之策。事实上不仅仅马士英这样想，就连史可法、刘宗周、黄宗義这些正人君子也同样是如此想的。但他们都没有清楚认识到，现在的南明朝廷面对的最大敌人不是“贼”，而是“虏”。
尽管也有一些中下级官员，如兵科给事中陈子龙、吏科给事中章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目轻信满淸的承诺，并且列举出当年北宋借金灭辽、南宋借元灭金的历史教训。可惜的是，这时在南京朝中，并没有多少人听信。马士英和东林党一边斗争着，一边积极准备安排北使团，并且己经确定了左懋第为使臣，去和满清接触，好实施借虏灭寇的政策。
其实在南明朝廷的各官员心里，对清军都怀有一种很深的恐惧感，因为自从袁崇焕死后，满清先后四次入关奔袭，并在关外发动大凌河、松锦之战，在这六场大战中，明军都以惨败而告终，尽管满清在最后一次入关奔袭中，商毅在济南和青州都重创了清军，但这只是一个局部战场取得的胜利，放眼整个战役来看，依然还是明军失败。
因此在众人的潜意识里，没有人愿意和清军交战，文官是如此，武将们内心更是胆怯，要知道他们连大顺军都打不过，又怎么敢与打败大顺军的清军交战呢！放眼整个南方，真正不怕清军的，还真就只有商家军这一支人马。只可惜没有人相信，仅靠商家军就能够抵挡得住清军。
当然借虏灭寇的政策本身并没有错，但无论讲和还是联合，都必需是建立在自身有足够的实力基础之上，南明君臣只是一味幻想借虏灭寇，但自身却没有任何进取的动作，只有偏安坐等之心，不仅丧失了趁乱收取山东、河南的大好机会。同时也把自己的怯弱无能，逐步暴露在满清面前。
南眀朝廷于六月间任命王燮为山东巡抚，丘磊为山东总兵，但这些都是表面文章，因为没有武力作后盾，委任的方面大员根本不敢赴任。事实上南明朝廷的潜意识里，根本就是打算放弃山东算了。
而在这个时候，商家军在山东大败清军，连续收复青州、济南，生擒王鳌永的捷传回到南京时，也使南京朝廷上下都十分尴尬的局面中。
不仅仅是马士英，就连在东林党內部，也有不少人心里都在怪商毅多事，青州、济南丢就丢了贝，好端端的没事去惹清军做什么，虽然收复了青州、济南，但都是两块烫手山芋，拿不得放不得，现在朝廷正准备派出北使团赴北，万一在这个时候把清军惹急了怎么办？但这话是没法说出口的，不管怎么说，商家军是打了胜仗，总不能说商毅不该收复山东的失地吧。
而且这个消息也经过【杭州时报】传遍了江南地区，在中下层官员和士大夫之中，也引起了很大的轰动，因为朝廷己经很久没有在军事上取得胜利了，因此这个消息也是大振人心，而商毅和商家军也得到了很高的评价，不少人都纷纷要求朝廷出兵，全面收取河南、山东之地。
在舆论的压力下，南明朝廷也不得不对商毅进行嘉奖，并且拿出一些实质性的行动出来，而当务之急就是要赶紧再派出一位山东巡抚，以表示朝廷绝对没有放弃山东等地的意图。
但山东巡抚的人选却是一个大难题，虽然商家军在山东打了一个胜仗，但南京的官员对商家军的战斗力到底多强并不清楚，而更为重要的是，都看出南明朝廷在山东事务上依然是在敷衍，因此对山东巡抚这个差事，人人都避之不及，谁也不敢接这个烫手的山芋。
在这个时候，吴甡才上奏，推荐这时在杭州闲居的原山东布政使孟宏恭出任山东巡抚。虽然马士英知道孟宏恭是商毅的一伙，但现在也确实是无人可派，因此也只好顺水推舟，同意了吴甡的建议。
甴孟宏恭出任山东巡抚，当然是商毅早就计划好的，把山东巡抚这个位置抓到手里，就可以名正言顺在山东地区施发号令。而孟宏恭也有很不错的管理地方的实力，由他和周少桓合作，是应该能够把登莱的局面稳定下来。
现在孟宏恭到是看穿了，南京朝廷根本就是成事不足，败是有余，相反跟着商毅混，说不定还能另谋一个出路，反正女儿也嫁给了杨武丞，自己也算是商家军的一份子，干脆就跟着商毅走到底。他对商家军的战斗力还是很有信心的，而且实在不行了，还可以从海路逃走，因此对去山东上任并没有什么不愿意。
因此接到南京的圣旨之后，孟宏恭立刻向商毅、还有女婿、女儿告别，从海路登程出发。而商毅也派出第二支船队，随孟宏恭一起出发，除了运送物资以外，还请周少桓组织一部流民迁移到浙江来，准备向台湾移民定居。
随圣旨一起来到杭州后，还有吴甡的一封信，是请商毅帮忙，调停高杰和黄得功之间的争端。
原来现在不仅仅是南京一团混乱，江北四镇也用样是混乱一团。首先是高杰到徐州上任时，因为贪图扬州繁华，想顺手把扬州也划入自己的防区，于是要求进入扬州安置家眷，方能前往徐州。但高杰的名声实在太差，扬州士民们一听他要进城，立刻把四城紧闭，防贼一样紧守，不让高杰部队入内。高杰自然震怒，勒兵攻城，连攻数日，居然攻扬州不下。
而这时刘泽清和黄得功也都看不过眼让高杰独占扬州，于是两人同时上书南京朝廷，一个要求领军保护扬州，另一个弹劾高杰，请朝廷治罪于他，当然都是醉翁之意不在酒。
眼看着三人就要展开一场争斗。幸好这时史可法奉旨督师江淮，从中周旋，好说歹说，而高杰也自知理亏，也就借梯下墙，接受了史可法的调停，不再要求进驻扬州而改驻瓜州。史可法也把扬州作为自己督师江北的总镇，当然也是为了好管住高杰。
扬州风波就这样算是免强平息了下来，但太平日子沒几天，刘泽清在淮安又闹出事情，因为朝廷在设制四镇时，符于了他们在当地自征钱粮的权力，而刘泽清却借机纵兵行凶，在各个村落大肆劫掠，也使淮安各地叫苦不迭，纷纷向史可法投述。因此史可法只好又赶到淮安去制上刘泽清。
那知是按下葫芦瓢又起，史可法前脚刚走，高杰一没人看着，立刻就又出了问题，和黄得功打起来了。
事情的经过是：和黄得功同宗的总兵黄蜚想入南京觐见弘光帝，怕在途中为高杰、刘良佐等人劫掠，就写信给黄得功，让他接应一下自己。于是黄得功率三百精骑出迎，但至距邗关五十里以外的土桥时，遭到高杰的袭击。尽杀黄得功三百精骑。幸亏黄得功本人颇有些勇力，才得以只身逃免。而高杰乘胜，又趁黄得功离镇，派大兵进袭黄得功驻扎的仪征，结果被黄得功的部下打得大败而逃，千余人被歼。而等黄得功回到仪征之后，自然起兵报复，于是，两人各自整军备马，意欲仇杀。结果史可法还没赶到淮安，又赶忙调头回来。
吴甡在南京得知之后，也是觉得头大如斗，又不忍心看着史可法这样疲于奔命。只好写信给商毅，请他帮史可法一把。
商毅接信之后，也哭笑不得，他当然不会去趟滩浑水，只是给黄得功和高杰分别去信相劝。
黄得功和高杰对商毅还是有几分忌惮的，而且这时史可法也赶到仪征，苦劝苦说，并且自己出银偿补黄得功马价，黄得功才勉强接受。而高杰也自知理亏，受史可法劝说，又送千金与黄母作寿陪罪，同时史可法又怕两人再火拼起来，只得调黄得功移驻庐州，派高杰移镇徐州。才算把这场风波免强又平定下来。
而商毅得知黄高罢兵，也松了一口气，现在他可没空来管这些事情，因为西班牙的使者己经到杭州。