商家军的舰队攻占琉球的捷报送回杭州的时候，商毅并没有在第一时间得到，因为这时商毅、叶瑶瑱、周世奇、王夫之等人都不在自巳的衙门里办公，而是全体出席江淮之战阵亡将士的祭祀大奠，和对有功将士的受勋仪式。
这个仪式是在杭州的岳王庙前举行，这也是商毅的特意安排，一来岳飞是商毅小时候最崇敬的中国古代民族英雄之一，在商毅上小学的时候，就很喜欢听刘兰芳先生讲的评书［岳飞传］，而另一方面，岳飞的主要功绩是抗击金军入侵，当时的局面和现在十分相似，而且岳飞敌人金国，是女真族建立的国家，女真族就是满族的先祖，因此把这个大典设在岳飞庙前举行，也有很大的像征意义。
这时己是七月下旬，离江淮战役结束己快两个月了，大典推迟到现在才举行，除了因为是随后又发起了鲁南战役之外，统计阵亡将士的名单，制做灵牌，还有发给士兵的勋彰都要花费不少时间。
而在大典的这一天，商家军的全部官员都出度参加，而且商毅也允许民众观看，结果全场一共来了近二十万民众，除了士兵的家属之外，大部份都是杭州的百姓，把岳王庙挤得里三层外三层，水泄不通。
首先进行的祭祀活动，毕竟在中国人的观念中，都是死者为大。近万个灵牌全部都排列在岳王府的门前，密密麻麻，展开了六十余步，而在灵牌前面，是一排蒲团和香炉，供人参拜所用，并且还无偿提供香馃钱纸等物。
祭文是由王夫之写成，写得慷慨悲壮，十分动情，商毅朗读完之后，在场的早民人等，已是哭声一遍。商毅将祭文在灵牌前焚化，随后，商毅和叶瑶瑱两人并肩向所有灵牌叩头行礼，拜了三拜，并各自敬香三柱。随后才是其他官员、军队代表，然后才是士兵的家属代表。
等祭祀临近结束时，商毅才又宣布，阵亡将士的灵位将在岳王庙门口奉立三天，接受百姓的朝拜。等典礼结束之后，所有灵位都移入岳王庙內供奉，每天接受香火。不过这只是暂时的，三天之后，将在岳王庙对面开土修建一座英烈祠，将所有灵位，包括在以前的战斗中死去的将士灵位都请入英烈祠内，永久供奉。以后凡事对抗击异族入侵，为国为民战死的将士，也都供入英烈祠中供奉，让后人瞻仰，永垂青史。
在中国古代王朝，一般都会有武庙来供奉为国立下大功的武将灵位，但只有少数高级武将能够被供奉起来，像这样供奉所有将士灵位的场所，过去从未有过，尽管这只是一个形式，但对普通士兵来说，却是一个极大的鼓舞，因为在这个时候，人们对于死亡的敬崇，远比后世要大得多。
祭祀之后，接下来就是对士兵的受勋，这一次气氛也就欢快多了，而且还专门组织了鼓乐队和献花的小孩，毎个受勋的士兵在上台前都会扎上一朵大红花。同时也由于受勋的士兵们参加过刚才的祭祀典礼，因此人人的心里也都十分激动，而且勋章的做功也十分精细，出席任何场合都可以挂在胸前，做为自巳的荣耀像征，受勋的士兵们也都觉得是无尚的光荣。军人的自豪感也自然犹然而生。己经有不少士兵都决定，把勋章当作自己的传家宝，让子子孙孙都流留下去。
整个大典一直到下午才全部结束，效果也非常好，最后商毅还趁着气氛正热，向百姓宣布，军校正在招收新生，希望少年能够涌跃报名，曰后从年入伍，也为国出力。
等回到督师府时，天色己近黄昏，商毅这才看到了亚莉桑徳拉发回来的报捷，虽然商毅对这次琉球战役并不太担心，因为萨摩藩的那一点实力远不能和自己相比，说得不客气一点，现在就是合全日本之力，也敌不过自己现在的实力，只不过现在自己的主要对手是清廷而不是日本。
现在琉球岛也占领了，琉球王朝宣布与曰本决裂的诏书也己经发布了，同时向南京朝廷称臣的国书也己经送来，可以说出兵之前的主要目地都已经达到了，致于逼萨摩藩赔款的事情，并不是一定要达到的目地，商毅并不缺那一点钱，而且目前也不打算对曰本的本土下手。也就是说如果萨摩方面能够承认在琉球的失败，并且退出琉球的势力范围，那么这一场战争也就结束了。
当然这仅仅只是一个美好的想法而巳，以商毅对日本人的了解，这个民族的人在没有遭到惨痛的打击之前，是一定不会善罢甘休，说白了就是这次琉球之战还没有把萨摩藩打得足够疼。因此一定不能对萨摩藩掉以轻心。一是要防止他们会派兵来复夺琉球，二是为了彻底打疼萨摩藩，这一次的战火也很有可能会燃烧到日本的本土去。
因此在第二天，商毅首先命人将琉球的国书送到南京去，随后下令，驻守黄河入海口的第四分舰队赶到琉球去参战，加强出征琉球舰队的实力，同时还随船带去大量的弹药己及霹雳火箭，还派去了一个步兵团，外籍雇佣兵团以应付未来的登陆作战。
随后商毅又下令，招见日本商团的代表。经过这一段时间的观察，商毅也基本能够确定，这个日本商团和这一次战斗没有关系。虽然目前还不能确定这个日本商团的明确身份，但根据现在的种种线索分柝，商毅猜测这可是某一个与徳川幕府为敌的大名家族，在失败之后，逃到中国来，以经商为名，实际是进行政治避难。
因此当这个日本商团的出头人大野殿守来见商毅的时候，商毅也没有戳穿他们，但当着大野殿守的面，严厉的谴责萨摩藩对石垣岛和西表岛的侵略行为，并且向他出示了琉球王朝的诏书，证明这一次商家军出兵琉球岛是出师有名，最后以自己的名议，写给岛津久光一份公文，提出了三个要求：一、萨摩军队必须全部撤出琉球王朝的疆土，完证琉球王朝的独立和领土完整，以后不以任何形式侵吞、干涉琉球内政；二、这一次的战斗完全是由萨摩藩首先挑起来的，因此应该由萨摩藩付全部责任，赔偿商毅五十万两白银，以补偿对商家军造成的损失；三、在这一次战斗中被俘虏的萨摩士兵将由萨摩藩用白银赎回，并需要支付在台湾关押时的生活伙食费用。
虽梨现在商毅不能代表大明朝廷，不过萨摩藩也同样不代表日本的最高统治机构——德川幕府，双方的关系实际也可以算是对等，就是中国的地方割据势力与曰本大名，因此商毅向岛津久光发公文，提出条件，都不算不过份。当然在这里面还算是一个主权国家的琉球，直接被双方都忽视掉了。
大野殿守到也没有拒绝商毅的要求，毕竟这只是当一个传信的中间人，因此接过了商毅的公文之后，立刻告辞离开。
这时在琉球，西班牙雇佣舰队也已经到达琉球岛上，与亚莉桑徳拉的舰队汇合，又从台湾调来了两千步兵，这样一来，商家军在琉球岛上的驻军也超过了五千人，完全控制了整个琉球岛以及附近的十余个岛。
亚莉桑德拉是来自老牌的殖民国家，对于统治殖民地的一套工序非常熟练，在初步控制了琉球岛之后，立刻展开雷霆手段，首先在琉球清除亲日派，要求尚贤以琉球王朝的名议下旨，将十五名亲日派最铁杆的大臣处斩，其他的二十余名大臣都罢职，并驱逐出琉球岛去。而琉球朝廷，也就完全沦为商家军的玩偶。尚容这时那还敢不从，因此在几天内，立刻将琉球朝中的亲日势力几乎一扫而光。
当然打了一巴掌之后，还得给一个甜枣吃，虽然亚莉桑徳拉沒听说过胡萝卜加大棒的政策，但这点道理还是懂的，而且商毅的目地并不是只把琉球当自己的殖民地，而是打算逐步吞并琉球。因此必要的示好也是应该的。其实殖民也是一个技术活, 不是靠一味杀戮就可以解决所有的问题。
于是亚莉桑德拉又下命，过去萨摩藩强加给琉球朝廷的进贡，和琉球的税赋，都全部取消，并且免除琉球百姓三年的所有税收。
琉球朝廷虽然少了三年的税收，但琉球的财政收入主要是依靠贸易中传的关税而不是百姓的农税，而且免除了对日本的进贡之后，也省了好大一笔开支，足以低消减税了。因此这个政策上到琉球朝廷，下至琉球百姓，都能从中受惠，也受到一致好评。
另外商家军的军纪可不是萨摩藩可比，基本能做到秋毫不犯，公买公卖，并不以强凌弱，因此也迅速在琉球岛上建立起良好的名望。不少亲明派的官员更是对商家军大唱赞歌，什么王者之师、仁义之师的名衔，全部都送给商家军了。就连国王尚贤也觉得，看来当商家军的附庸也不错，上面有人罩着，而且这日子比过去可好过多了，比给萨摩藩当附庸可强多了。