等吴三桂、尚可喜、耿仲明三人带军出发以后，洪承畴也开始着手整顿南京和江淮地区的军务。
虽然多尔衮承诺再拔给洪承畴十万人马，但这十万人马不可能一下子凑齐，因此先期洪承畴只带来了五万人马，同时也带来了一批火器物员，这时也都陆续到达了江北、江南地区。
现在清军集中在江淮和南京地区的兵力约为二十五六万，并且拥有大量火器，计有各种火炮四百五十余门，其中红衣大炮有近百门，霹雳火炮一百二十余门，火铳二万二千余杆，煫发火铳有一千五百余支。霹雳火箭有二千余筒，震天雷有五千余个。虽然淸军的火器数量只相当于商家军的两个师拥有的火器，但在淸廷来说，这己经是把所有的库存火器全部都拿出来了。
俱体的兵力比例为：满旗及三大营的军队，约为四万五千余人，另有跟役包衣约有一万五千人。因为在多尔衮改制以后，一般的满旗兵出战，是不允许再带跟役包衣，只有白甲兵、牛录、甲喇等少数精锐，或将领级的人物才能带一定的跟役包衣出战。主要的将领有固山额真四人：正白旗阿山、镶蓝旗屯齐、正黄旗谭泰、镶黄旗尹拜图，宗室有多罗贝勒勒克德浑、贝子尚善、满达海。而梅勒额真有：珠玛喇、瓦尔喀珠玛喇、卓罗、泰什哈、蓝拜、硕詹、阿哈尼堪、阿济格尼堪等人。
汉旗及绿营军队约有八万余人，主要的将领有固山额真有：镶白旗佟图赖、镶红旗石廷柱、镶黄旗刘之源、正红旗金砺。梅勒额真有：马光辉、海尔图、李思忠、士彦等，其他汉军将领有沈志祥、吴朝佐、金光裕、夏成德、刘武元、佟岱等人。
蒙古旗的军队有两万五千余人，主要的将领有：固山额真马喇希、吴喇禅、革霸库、富喇克塔等人。
在淸军南征之后，招降的明军约有十余万人，主要的汉将有刘良佐、刘泽清、左梦庚、土国宝、刘进忠、金声桓、王得仁、卢光祖、田雄、徐勇、郝效忠等人。不过其中有不少人都是洪承畴的旧部。
而洪承畴整军的重点当然是南征之后收降的明军。因为满汉旗军、绿营的编制己经比较完善了，用不着洪承畴来重新编整，而且这里的关糸也错综复杂，洪承畴也不愿意去趟这滩混水。收降的明军不仅人数众多，而且来源也十分复杂，而且各将手下的兵力也不相等，有多有少，不过洪承畴下令将其全部打乱，然后重新分组整编。
洪承畴将降军一共为八镇，四大四小，以刘良佐、刘泽清、左梦庚、金声桓四人为大镇，每镇拥兵一万五千人，土国宝、刘进忠、王得仁、郝效忠四人为小镇、每镇一万人。这样一样各将的兵力都拉平了，不会有特别突出的。
在兵力的分布安排上，洪承畴在江北布置了十万人马，甴贝子满达海坐镇归德府，全面指挥江北的军务，另外还有阿山、谭泰、佟图赖、石廷柱满汉各两名固山；而在南京一带布置十二万左右的兵力，由多铎在南京坐镇，手下有屯齐、尹拜图、刘之源、金砺。以及蒙古各旗等人。其余的人马都作为机动兵力。
同时又命山东的阿巴泰，派遣一部份人马驻守兖州，牵制商家军在鲁南的兵力，减轻自己在江淮一线的压力。
而在文治方面，洪承畴委任申朝纪出任河南巡抚，吴景道任河南布政使；张文衡为淮安府知府，兼授淮安道；金之俊为凤阳府知府，兼任淮安巡抚；马之先为武畕府知府，兼任湖广巡抚，刘清泰任湖北布政使；秦世祯为江南巡按，佟岱为江南布政使，付责管理各地的民政事务，安抚民众，蠲免钱粮、恢复生产。并且下令各地驻军均不得扰民。
同时洪承畴又向湖南、江西、安徽各省发檄进行招抚，只要是向清军投降，原官、司均可留任，并不念旧故。并且又严令耿仲明、尚可喜等人，凡事主动向清军归降的各州府县，均不得侵挠劫掠，当以安抚为主。
不过对商家军的措秩则是实行全面封锁，洪承畴要求，在浙江、江北、山东地区，完全封锁住双方的边境线，绝对禁止有人通过边境，和商家军联糸，也严禁商贩前往商家军的地区经商。一经发现，必然严惩。
因为洪承畴了解到，现在商毅的主要财政来源是依靠海外的贸易收入，仅靠浙江一省的生产，根本就支持不了商家军的战事开支。但进行海外贸易，需要靠內陆提供大量的商品，才能为海外贸易保障充足的货源。尽管现在浙江可以自行生产大量的生丝和丝绸，但其他商品也都需要从内陆购进，为了吸引商人，浙江地区己经将商品的收购价格提高了三倍。
为了追求大的利润，在商家军和清军对持的时候，乃然有许多商人冒险将各种商品，穿过清军占领地区，运到浙江来贩买。当然在通过清军防区的时後，商人都会向他们进奉大量的钱财进行贿赂。而这一笔钱自然也都落入了私人的腰包中，因此各地驻守的清军对此也是睁一眼闭一眼，毕竟和钱过不去的人还是少数。而且商家军安插在南京、江淮的情报人员，也主要是通过这些途径，把情报消息传入到浙江。
洪承畴对这种现像当然十分清楚，因此才下令必须全面断绝，彻底浙江的商品供应，虽然在短期內效果不会太显著，但时间长了，虽然不能从经济上完全拖跨商毅，但也可以使浙江的收入大减，从而大大削弱商毅的力量。同时也可以加大商家军的情报传递的困难。
对洪承畴这样的安排布置，多铎也全力的支持，并且派自己的亲卫队组成监查队，在各条防线进行巡查。
而在湖北地区，不过洪承畴到并没有急于向商家军的湖北根据地发动进攻，因为军队重新编组，调整都需时间。只是首先命令贝子尚善领军驻守黄州，为下一步征剿湖北的商家军做准备。而且封锁得也更为严密，在双方的边境线附近，一屡不许驻留人口，房屋建筑田园一屡拆毁。凡是敢和商家军有来住的人员，一屡格杀无。要将商家军在湖北的根据地彻底孤立起来。
因为洪承畴知道，商家军在湖北的根据地还不能达到自给自足，需要浙江的支援，而浙江对湖北根据地的支援，主要是依靠长江水道，因此想要进攻湖北的商家军，首先就要阻止商家军从长江的援助。因此洪承畴也开始着手整顿淸军的水军。
自从清军在龙山水战失利之后，淸军也重建了自已的水军，前前后后又征集到四五百艘大小船只，不过清军的水军主要还是负责运输大队人马，以及物资渡江，而不是和商家军争夺长江的控制权。而且清军现在也知道商家军水军的厉害，除了上一次吴三桂冒险从仪真渡江之外，清军根本就不敢在南京境内以下的江段活动，由其是这时商家军占领了江北的滁州、和州一线，因此清军渡江的地点都设在池州府的铜陵一带。以避开商家军的水军进攻。
这样一来，从江淮传递到南京，都必须绕一个弯路。好在是目前江南的军需主要都是由湖广和本地供应，因此对清军的后勤供应影响不大。
洪承畴是福建泉州人，虽然在明朝的大部时间都是在西北、西南剿匪，但对航海、舰船也并不算陌生。而且现在洪承畴也知道，商家军在海上取得的战绩，可以说商家军的海军实力，足以和郑芝龙一较上下了。而现在商家军在长江上占有绝对的优势，在短期内，清军是无法建立出一支能够和商家军相抗衡的水军来。好在是清军的目地并不是要击败商家军的水军，只是阻止搔扰商家军从长江支援湖北战区就行了。
这一点在目前来说，洪承畴相信淸军还是做得到的。而且商家军的船队虽然强大，但主要是海船，能够在长江中航行的战船并不多，海船和江船的区别，洪承畴当然是清楚的。因此在长江里，清军的船只绝对数量要出商家军多，同时还占有上游之利，这一点有长江中水战，是十分有利的。龙山水战之败，大部原因是清军不熟悉水战，而且战术不对的缘故。
于是洪承畴也下令，将清军所有的船只按大小进行重新编组，并且仍然将龙山船厂做为水军的前线基地。不过洪承畴也不敢大意，只是在龙山船厂里驻守三百多艘船只，其余的船只仍然停泊在池州一带。同时达继续在长江沿岸征集各种船只，并且命令各造船厂也都继续为清军生产新船。
然后洪承畴又在湖广、江淮等地招筹渔民充任水手，并从汉军中选拔精通水性，并且会操舟的士兵编成水军进行训练，制造水战的武器，积极的备战。
不过就在清军正在积极准备的时候，商家军却主要出击，分从水旱两路，向南京发动了进攻。