十一月十日，商家军收复南京之战正式开始。
莫愁湖位于南京外城的东江门到栅橍门，內城的三山门到石城门之间，大体呈一个东西长，南北窄的形状。驻守茣愁湖防线的清军主将李思忠将兵力一分为二，分别驻守莫愁湖的南北两岸，背倚南京城墙，从莫愁湖的南北岸边，一直到秦淮外河的河边，用泥砂布装垒成二道矮墙壕沟做为防线，并且在这两道矮墙之间，还修筑了二十余座木质结构的箭塔。
罗远斌出动第二军第三、四两个师的兵力，向莫愁湖的清军阵地发动了进攻。由第三师进攻莫愁湖北线，第四师进攻莫愁湖南线，第十三、十八旅，分别为南北两线的预备队，同时也预防南京城里的清军来支援莫愁湖。
战斗开始之后，两个师的所有火炮一起开火，向清军的阵地展开了猛烈的轰炸。其实清军驻守莫愁湖的兵力虽然有不少，但火炮的数量却远远不足，因此阵地上被打得砂石乱飞，尘土飞扬，清军只能全部都躲在矮墙后面，或者是壕沟里，根本就抬不起头来。
不过清军现在也充份的学习了商家军的战壕战术，防线还算布置得很合理，因此虽然被打得毫无还手之力，但实际损失并不算大，只是修筑的二十余座箭楼因为高高耸立，成为火炮最好的靶孑，在一阵轰击之后，所有的箭楼几乎都被击毁。
等商家军的火炮轰击稍停了一会之后，李思忠也立刻下令全军，小心戒备，因为按照以往的经验，商家军应该发动地面进攻了。但就在这时，忽然一个士兵大叫道：“李大人快看，有船队来了。”
李思忠回头一看，只见从秦淮河上驶过来一支船队，约有四五十艘船，正慢慢驶到清军的背后来。李思忠也不禁大吃一惊，这支船队当然不会是淸军的，只有商家军才有。
在多铎布置防线的时候，也不是没有考虑过商家军在水面上的绝对优势，但从和商家军打过的几场水战的经验看，商家军使用的都是大船，只有在长江里才能航行，而秦淮河并不是什么大河，河面窄，河床浅，驶不了大船，商家军的战船是进不了秦淮河的，因此多铎也敢放心的在莫愁湖和玄武湖都布置了防线。
只是多铎一来是对船只水道的常识不熟，商家军过去在南京驻守时，就勘测过秦淮河航道，从莫愁湖到长江口的这一段水道是可以走护卫舰的，二来也没有想到的是，商家军的长江舰队中，同样还有大量的中小战船。因此在第二军向清军的莫愁湖防线发动进攻之后，和第二军协同作战的长江舰队第二分舰队的战船和第一分舰队的护卫舰都从秦淮河驶入，直逼清军的阵地。
当然舰队从外秦淮河驶入，也是有一定的风险，因为外秦淮河也是南京的护城河，离南京的城墙很近，如果淸军有足够的火炮，可以给舰队造成很大的杀伤，只是分派了城外的五个据点之后，清军在城內的火炮巳不足百门，加上一百五十多架抛石器，但都集中在东南的皇城一带驻守，因此虽然守城墙的士兵可以清楚的看到商家军的战船从自己的眼前驶过，但也拿它们毫无办法。现在派人去调火炮来，也来不及了。
清军的莫愁湖防线，是背倚外秦淮河而设的，因此等舰队驶入之后，清军防线的整个后背，也全都暴露在舰队的炮口之下。
驶入外秦淮河的舰队中，有护卫舰十一艘，每艘船上备配火炮三十门左右，这时也一字排开，向清军背后开火轰击，其他装配了火炮的战舰，也都纷纷开火，没有装配火炮的战舰则发射霹雳火箭，或者用船上的管风琴枪射击。
虽然说清军有战壕可以藏身，但也不是所有人都能躲在战壕里，而且在战壕以內，还有帐蓬，临时搭建的房屋，仓库等等，被霹雳火箭一炸，顿时都燃烧了起来，而在阵地里的清军可就没有地方可躲了，被打得狼狈逃窜，甴其是那些被临时编制起来的民兵，那里见过这种阵反，只吓得哇哇的乱叫，四处找地方躲藏，谁的命令也听不进去了。而李思忠也急得满头大汗，但是却一筹莫展。
而第三师也趁机向清军的防线发动了地面进攻，李思忠在万般无奈之下，只得下令全军出击，和商家军进行白刃作战，否则根本就守不阵地了。
清兵纷纷杀出了战壕，和商家军展开了激战。但到了这个时候，清军的士气和斗志都己经被大大削弱，双方接战起来，清兵也完全不是对手，被杀得纷纷倒地身亡，而且在清军里面还参杂着不少被强征来的民兵，虽然被强逼得冲出了战壕，但没跑两步，就立刻转头向回头，或者还没等接战，就扔下武器，大叫着投降，他们的行为还带动了不少其他的士兵。结果本来是打算扩大兵力强征来的民兵，这时反到是成了战场上最大的隐患。
白刃战进行了不到一个时辰，清军就全面溃败，商家军趁势追击，占领了整个阵地，李思忠带领着一部份败军退回到南京城里。这一战一共歼灭了清军三千余人，而俘虏竟高达一万多人，其中大部份当然都是民兵。
战斗胜利之后，罗远斌一面下令重新组织阵地，分编看押俘虏，准备进攻南京城，一面派人向商毅告捷。
莫愁湖被商家军占领之后，仅仅只过了不到一个时辰，清军的玄武湖防线也被商家军突破了，战斗的过程和莫愁湖这一边大同小异，玄武湖防线的主将土国宝当场战死，逃回南京的守军不足五千，其余不是战死，就是被俘虏。
在城外设置的五个防守据点，一下子就丢了两个，这还仅仅只是商家军发动进攻的第一天。多铎在南京城中得到消息之后，也不禁觉得心头一凉，产生了一种不祥的预感来。
但仗打到了这一步，也不能置之不理，必须硬挺下去，于是多铎立刻招集鳌拜、满达海、屯齐等人商议，下一步应该怎样据守南京。
屯齐首先发言道：“王爷，现在城外的防守据点只剩下三个了，而且在城外驻守，我们的兵力也过于分散了，因此依奴材之见，我们还是把城外的人马都撤回南京城来吧，这样集中兵力，还可以多支持一些时间。”
满达海摇了摇头，道：“莫愁湖和玄武湖的失守，在于我们选择的防守地点不当，不该背水设防，让商家军水陆两线进攻，才丢失了阵地，怎么能够一概而论。而且神烈山和聚宝山都是山地，我们有居高临下之势，商家军也未必可以轻易攻下。又怎么能够轻言放弃，何况神烈山正靠南京城墙，如果被商家军所占，山头架炮，就可以直接打到皇城来，南京岂不是危险了吗？”
屯齐道：“神烈山地势重要，到是不可轻易放弃，但聚宝山、天坛的防守据点离南京城太远了，我们难以救援,己经成为孤军，容易给商家军造成逐个击破的机会，我们现在防守南京的兵力本来就不足，我看不如只保留神烈山这一个据点，把聚宝山和天坛的兵力都撤回南京城里来吧。否则这两个据点再被商家军攻破，我们用来守卫南京城墙的兵力就太单薄了。”
满达海却还是坚持自己的观点，道：“正是我们有聚宝山、天坛这两个防守据点，商家军才无法进攻南京的东南城墙，一但弃守，商家军就可以肆无忌惮的随处攻击南京城墙，他们可以集中兵力只攻一点，而我们却要全线设防，用两个据点守住一半的南京城墙，那个更划算一些呢？就算商家军能攻下这两个据点，自身也不可能没有损失，因此这两个据点也不能放弃。”
多铎听了之后，也觉得这两个人说的，似乎都有道理，因此也不知道该听谁的才好，因此也觉得左右为难。
这时鳌拜忽然道：“你们说来说去，全部都是防守，据守，真是一点骨气都没有，堂堂满州勇士，怎么都变成了胆小如鼠的女人。依我看不如派一支人马，杀出城去，和商家军大战一场，不比躲在城里当缩头乌龟强吗？” 他转头又对多铎道：“王爷，奴才愿意带领一支人马，出城去和商家军决一死战，请王爷下令。”
虽然鳌拜的话说得很不客气，但多铎也不觉眼晴一亮，觉得这个方法到是直得一试，现在商家军大兵压境，又连续攻占了南京城外两个据点，一定不会想到清军还会主动出击，因此也许可以打商家军一个措手不及，如果能够打一个胜仗回来，也能提高一下清军的士气。
就在多铎正要下令的时侯，忽然有人来报：就在昨天晚上，守卫聚宝山的郝效忠举兵向商家军投降，将聚宝山阵地拱手让给了商家军。
多铎听了，顿时如遭五雷击顶，险险昏倒。