清军在太社稷和太庙里虽然也布置了一部份兵力守卫，但在这个时候，谁都知道大势己去，没有再继续战斗下去的勇气了，在守卫承天门的军队向紫禁城里退却的时候，也都跟着一起撤退，但有相当一部份清军向商家军投降。
投降的清军基本都是清军入关之后收纳的降兵，虽然付责守卫太社稷和太庙的清军将领还想阻拦，但一来是投降的清军实在太多，想拦也拦不住，二来商家军已经攻了进来，也不容他们在太社稷和太庙里久耽误，结果也只好对投降的清兵放任不管，带着沒有投降的清兵退进了紫禁城里去驻守。
苏建林一面命人收容降兵，一面指挥着军队，继续向紫禁城的午门发动猛攻。但紫禁城是清军最后的阵地了，因此清军也进行了拼死的抵抗，而且守卫紫禁城的，都是清军中战斗力最强的满汉旗军，多铎也亲自持刀督战，清军也是人人拼命。战斗也进行得十分激烈，清兵们乎完全是奋不顾身，对商家军的进攻不躲不闪，不招不架，而是对砍对刺，不少人在中刀中枪之后，依然还死战不退，甚致用牙咬，用石头猛砸等等招术，也全都用上了。
商家军雇佣兵团的战斗力虽然强悍，但在清军几乎是两败俱伤的奋力战斗下，竟然也难以在取得突破，商家军连续发动了三次进攻，虽然有一次甚至都己经冲过午门，但都被清军打退了回来。在午门附近，己经是尸橫遍地，血流成河。
苏建林见况，也只得下令暂时后退，重新修整一下，同时也等着皇城的另三方都杀进来，然后再向紫禁城同时发动进攻。反正这时清军都被困守在皇城里，也跑不了了。
见商家军停止了进攻，并退后了一段距离，多铎这才松了一口气，他虽然没有亲自上阵，但一直在后面督阵指挥，大声喊喝，整个战斗的过程也看得清淸楚楚，战斗进行到紧张的时候，他同样也是心惊肉跳，这时也觉得全身是汗，连嗓孑都喊哑了。因此命令清军严守午门，自己回到了皇宫里暂时休息。
回到太和殿上，多铎摘下头盅，一屁股坐到椅子上，抓起茶壶，一口气把一壶茶全都灌了下去，然后“呼呼”的喘了半天，这时屯齐也回到皇宫里，多铎见了，立刻问道：“现在怎么样了？”
屯齐低着头，道：“王爷，奴才无能，北安门己经失守。”
多铎呆了一呆，又苦笑了一声，道：“算了，这也怪不得你。”
其实北安门的失守颇有些戏剧性，清军同样采用城上沷水的办法来对付商家军的爆破战术，结果不想忙中出错，不知是那个士兵，居然把一颗震天雷给扔下去了，震天雷爆炸反而引发了炸药的爆炸，反到是帮了商家军一个帮，就这样把北安门给炸开了。
这时屯齐道：“王爷，南京怕是守不住了，我看我们还是尽快逃出去吧。”
多铎苦笑了一声，其实在商家军攻破了南京城的外围防线之后，他也不是没有想过逃走，但那时总觉得自己还有七八万人马，还有南京城墙可以据守，总还能坚持一二十天，如果逃出南京城，也就成了一次孤军，只能四外窜逃，朝不保夕，因此才决定死守在南京城里，那知今天才笫五天，南京就守不住了，而现在逃走，也晚了。
于是多铎摇了摇头，道：“现在整个皇城都己经被商家军包围了，我们又能逃到那里去呢？只怕是一出了皇城，就会被商家军给活捉了，所以我那里也不去，就在皇宫里，等商家军攻进来，就在这里和商家军决一死战，为大清尽忠了。”
屯齐道：“王爷，留在南京城里，早晚都是死，不如冒险突围一把，或许还能死中得活。现在天都快黑了，虽然承天门和西安门都被商家军攻破了，但还有北安门和东安门在我们手里，出了东安门就是朝阳门，杀出了朝阳门，也就出了南京城，也算好躲藏了。而出了北安门，可以直接从城墙翻出去，躲进神烈山里去。因此还是有机会的。”
多铎听了之后，也颇有些心动，毕竟他也不想死，而且屯齐的办法,也不是完全没有机会，反正现在也是活不了，不如赌一把，就是死马当活马医，如果被商家军抓住也就算了，万一侥幸还真的逃脱了呢？
屯齐见他有点活动的意思了，立刻又道：“王爷，奴材先带人从东安门向外杀，吸引商家军的注意力，您再从北安门突围，躲进神烈山里去。如果奴材侥幸，出杀出了重围，咱们就在神烈山里汇合，然后再别的办法？”
多铎这才点了点头，道：“好，屯齐，招集人马，我们这就开始突围。”
因为是要逃离皇宫，因此也不能告其他正在抵抗的清军，否则现在皇城的防线就会立刻崩溃，只能招集在紫禁城里守卫的清兵。
这时留守在紫禁城里的清军只有一千多人，不过全部都是满旗军，不仅忠心基本可靠，而且战斗力也比较强。多铎从中只挑选了最精锐的二百人跟着自巳，而其余的人都由屯齐带领，希望给商家军造成清军是从东安门大举突围的样子，这样自己也好从北安门杀出城去。
但就在两人还没完全准备好的时候，忽然听见在皇城外面喊杀声大起，枪声、炮声也明显密集了起来，而且可以听得十分清楚，喊得最多的是二句话“放下武器，投降不杀”“收复南京，活捉多铎”。
多铎听了，也怔了一怔，就在这时，一个士兵冲进皇宫，道：“禀报豫亲王，东安门己经被商家军攻破了。”
多铎和屯齐也都不禁大惊，屯齐赶忙道：“王爷，现在情况紧急，己经不能再等了，奴材这就带人去东安门，尽量拦住商家军，您也赶快走了吧！”
说着屯齐给多铎磕了一个头，然后带领着人马，向东安门杀去。
而多铎这时也有些紧张，正想派人去打探一下，现在北安门的情况怎么样了，但就在这时，又有一个清兵慌慌张张的跑进了皇宫，大声道：“豫亲王，午门己失守了，请您快发兵去増援。”
多铎身子一震，午门失守也就意味着紫禁城被攻破了，而从太和殿放眼看去，己有不少清兵都向太和殿的方向败退了回来，而且“放下武器，投降不杀”“收复南京，活捉多铎” 也更为响亮了。多铎也知道，自己不能在这里停留，立刻对自己挑选出来的二百名清兵道：“我们从玄武门走。”
玄武门是南京紫禁城的北门，要走北安门，就一定要从玄武门出去。多铎这时也不管那名报信的清兵，带着自己挑选的士兵，出了太和殿，向北而行。
这时天色己经暗了下来，但皇城里到处都是火光，到处都是枪声、喊声、厮杀声。而多铎这时可不敢有丝毫停备，带领着士兵穿过了太极、保和两殿，越过了后宫，从玄武门出了紫禁城，沿着北安门大街走去。
还沒等他们走出一百步，只见前方一阵大乱，只见有无数的清兵正向他们迎面跑了过来。多铎也不禁大吃一惊，赶忙拉住了两名清兵，问道：“怎么了？这是出了什么事？”
有一名清兵到是认识多铎，但这时也顾不得给多铎行礼，道：“豫亲王，北安门己经失守了，商家军已经杀进来了，快向后逃吧。”
多铎听了，也不禁一阵头昏，皇城的四门都已经被商家军攻破了，自己现在又能逃到那里去呢？
就在多铎离开太和殿还不到十五分钟，第一师就杀进了太和殿，剩余的清兵也全都投降，十分钟之后，师长苏建林也踏进了太和殿。
太和殿为紫禁城三大殿之首，商家军攻占了太和殿，也就意味着紫禁城基本己经被商家军所攻破了。而这一次收复南京的战役也取得全面的胜利。第一师虽然不是第一个攻进南京城里的部队，但却是第一个攻入皇城，占领太和殿的部队，这样的战绩，也配得上王牌部队的称号。
不过令苏建林赶觉到有些遗憾的是，现在还有另一条大鱼，就是淸军的主将多铎还没有抓住。因此苏建林一面命令部队继续向皇宫里面进攻，一面也审问抓住俘虏，有谁知道多铎的下落。同时也向成进报告了自己的进展。
这时在太和殿里俘虏的清军己多达千余人，到是有几个汉军的士兵向商家军招供，说是看见多铎带着一队人马，向北方逃走了。
苏建林得知了这一消息之后，也立刻来了精神，这条大鱼可不能放跑了，因此马上叫这几个汉军的士兵带路，自己亲自带领一个营的士兵，去寻找多铎，而其余的士兵留在太和殿里，打扫战场，并等侍商毅和成进到来。