商毅判断的一点也没错，永历、绍武两个朝廷都是一盘散沙，一干大臣们都是说大话，耍嘴皮行，干起实事来，就无一是处了。绍武朝廷虽然想发兵来救尚可喜，但军权都郑成功手上，另外就是金声桓手里还有一万多人，郑成功死活不肯出兵，朱聿鐭也拿他没办法。就金声桓手里的那点人，还不够商毅塞牙缝的。
而永历朝廷到是有些兵马，但名议上何腾蛟总管军权，底下的众将却是各立山头，派糸林立，打不打仗，出不出兵就看今天心情好不好，可惜一听说是和商家军作战，心情立刻就都郁闷起来了，何腾蛟根本调动不了手下的那帮丘八们。
另外说实话，何腾蛟心里也怕可商家军动手，因此向永历朝廷上了一疏，建议朝廷不如来个坐山观虎斗，让商毅和尚可喜拼个两败俱伤，然后自己再坐收渔人之利。
结果尚可喜十分杯具的发现，原来那些信暂旦旦，拍着胸脯向自己打包票的人，都是靠不住的，最后还是耍自己老哥一个，早知是这样，自己也就不该出这个头啊，又是何苦来的呢？
尚可喜当然清楚，和是商家军动手，只会是自己一败俱伤，打肯定是打不过，守估计也守不住，现在大慨也只剩跑路这一条路可行了。
就在这时，长子尚之信给尚可喜出了一个主意，为什么不和商毅谈判呢？谈不谈得成且不说，起码可以试一试啊。如杲实在谈不成，再跑路也不迟啊。
果然是一语惊醒梦中人，其实尚可喜也是当局者迷，还是站在清廷的角变思考，并没有反正的觉悟，只想着商毅是自己最大的敌人，而且又有清廷的密令，因此只想着打，却没想到自己现在是南明的人了，当然还是可以谈的，自己和商毅本来也沒有怨仇，为什么一定要听清廷的呢？看看商毅有什么条件，如果他要朱以海，那就把朱以海给他，又不是什么宝贝，少了朱以海，自巳还可以省点粮食，或者每年向他进贡十几万两白银也行，只要是愿意坐下来谈就行。
想通了这一点之后，尚可喜的脑筋也立刻活动了起来，立刻想到了，商家军虽然进驻了广东境内，但一直都停留在边境地区，并没有深入，也没有向自己发动进攻，看样子商家军好像也有和谈的意思，这么说来和谈也不是沒有可能的。于是尚可喜立刻命人赶到商家军的大营里，表达了和谈的意向。
其实商毅也根本没想灭掉尚可喜，只是想吓唬吓唬他，让他以后老实在广州待着，別瞎闹腾了，毕竟现在尚可喜属于永安朝廷的一份子，真把尚可喜给灭了，永历、绍武两个朝廷也不好想，说不定还真的会联起手来对付自己。而且把尚可喜灭了之后，那么朱以海怎么办，真的把他带回南京去供起来吗？
商毅想来想去，还是觉待不灭尚可喜，要比灭了他好。因此人马虽然进入广东境内，但并没有向尚可喜发动进攻，其实就是给尚可喜一个暗示，就算尚可喜不派人来讲和，商毅也想动用在广州的情报网络，向尚可喜传达这个信息。总算尚可喜也还算机灵，派人来讲和了，这也正是商毅所希望的。
其实商毅的条件并不苛刻，根本不用尚可喜进贡什么，朱以海等人也一个不要，因此尚可喜也松了一口气，原来商毅是个很好说话的人啊，只有这样的要求，实在是太简单了，自己干嘛老是要和他过不去呢？清廷真是害死人了。
几天之后，尚可喜将张煌言、张名振、朱大典、张国维、熊汝霖等人从狱里放出来，并且再三向他们道歉赔罪。同时又以朱以海的名议下诏，也是通告整个南方，永安朝廷并不存在奸邪之徒，尚可喜过去虽是清军，但业已去清返明，改邪归正了，因此过去的事情就不用再提了。而关押张煌言等人，纯属误会，內部矛盾，尚可喜己经将他们释放，并且赔罪，同时也免去尚可喜的太师称号，但仍保留永宁王的爵位。并且也感谢商毅发兵来调理永安朝廷内部的矛盾。但现自己己经解决了，因此请商毅回师。而最后，永安朝廷也表示承认商毅靖北王的称号。
而商毅也表示永安朝廷的矛盾己经解决，自己也将立刻撤军，但又再次提出，请朱以海到南京去继位。永安朝廷的答复是去南京继位，关系重大，不能轻易决定，因此派出张煌言、尚之言两人为使，到南京去和商毅商谈俱体的事宜，然后再做决定。
张煌言等人对这样的结果当然都不满意，他们希望的是商毅领军杀进广州来，把尚可喜灭掉，把朱以海接到南京去。但现在的决定权在商毅手里，他不愿动手，谁也没有办法。而且不管怎么样，这次自己能够脱离牢狱之灾，也确实多亏了商毅出兵。有了这一次教训，尚可喜大慨也会老实一点。
而对于永安朝廷决定派张煌言、尚之言为使，到南京去和商毅面谈，张煌言也觉得还有机会，自己到了南京，可以当面劝说商毅，因此也没有反对。
其实商毅根本没打算接皇帝到南京来，官员来才是他需要的，而商毅真正的目地，是想招开一个四方会谈，协商制定出一个处理南方各朝廷之间的公约秩序，这样不仅对南明三朝有一定的约束力，而且自己出兵打那一方，也有条约依据，并不是以下犯上。
现永安朝廷这一边总算是搞定了，商毅又向绍武、永历这两个朝廷再次发去文书，仍然是请他们去南京继位，如果皇帝去不了，可以派大臣为使，到南京去商谈抗清，以及南方各朝廷之间的相关事务。
绍武朝廷的掌权者，首辅苏观生在郑成功的坚持下，也终于同意，毕竟只要是把皇帝篡在自已手里就行了，派几个大臣去到没关系，大家一起坐下来谈一谈也好。现在三个南明朝廷并立，大家都以正统自居，这也是事实，互相之间的关系处理，确实应该有个说法。于是首辅苏观生也决定，派一文一武两人去南京，文臣是顾元镜，而武将是郑成功的叔叔郑鸿逵。
不过在永历朝廷里，却多了一些波拆，其实在三个南明朝廷中，永历朝廷的实力最雄厚，绍武、永安都只有一省之地，而永历朝廷占有广西全境，贵州大半，云南的一部份，地盘是绍武、永安两个朝廷的总和。而兵力也有马进忠、王进才，郝永忠，曹志建，焦琏、刘承胤、曹志建、黄朝宣，滇营赵印选、胡一青等十余部，多则过万，少则数千，总计也不下十万。只是统帅何腾蛟驱众无能，指挥不动这些骄兵悍将。
而造成永历朝廷武将专扈的局面，党争也有相当的推动作用。南明三朝中，以永历朝廷的党争最为激烈，一开始有楚党、吴党之分，楚党是內阁大学士瞿式耜为首，成员其主要成员有左都御史袁彭年、礼部侍郎刘湘客、吏科给事中丁时魁、工科左给事中金堡、户科右给事中蒙正发，号称“五虎”。并以何腾蛟为外援，而吴党是以阁臣朱天麟、吏部侍郎吴贞毓、庆国公陈邦傅、司礼监马吉翔、给事中张孝起、李用楫，王化澄、万翱、雷德复，程源等人。
在一开始，楚党的外援何腾蛟掌握重兵，因此楚党气势大盛，但何腾蛟先败于清军，再败于商家军，威势大跌，又管不住手下的各路，于是被吴党有机可趁，纷纷拉陇何腾蛟手下的部将，逐渐挽回了局面，但也助长了丘八的骄悍气焰。
其中有人是为争权利，也有人是实实在在想为抗淸大局做一些事情，但因为身在局中，也不可避免的卷入到政治斗争中，因此关系错综复杂，盘根错节。但双方你争我夺，斗得十分激烈。而商毅的公文，也成为双方斗争的一个焦点。
因为楚党属于执政党一方，当然不愿把皇帝交出去，而吴党是在野党，本着敌人反对的事我支持，则极力赞同，当然也有一部份人是出于公心，认为把皇帝送到南京去，有利于抗淸大业。但不管怎么说，双方都是针锋相对。
不过随着永安、绍武两个朝廷都派出官员去了南京，吴党也趁机发动猛，而楚党的外援何腾蛟也不给力，声势也下降了不少，渐渐有些抗不住吴党的进攻。好在是可以先派官员去谈，因此瞿式耜也决定派出两名官员去南京，看能谈出个什么来。
而为了争夺这两个名额，双方又经过了好一番争斗，最后楚党、吴党各占一个，楚党派出的是吏科给事中丁时魁，吴党的人选是吏部侍郎吴贞毓。
就这样经过了反复拉剧之多，南明三朝的官员终于全部都在南京汇集，在商毅的主持下，招开南京四方会议。而这时的时间己经到了顺治四年（1647年）九月，商毅一直等待的琉球局势，终于发生了巨大的变化。