军队的整编就这样决定下来。而为了加强军队的独立性和荣誉感，商毅决定将军队的官职体系从传统的九品分级中剥离出来，参照后世的军衔，建立一个全新在军衔制度。
军衔的名称，主要还是以后世的军衔，但商毅也作了一些修改，军衔分为“兵士尉校将” 四个大级，各级之中又分三到五个小等级，兵分初等兵、中等兵、上等兵；士分下士、中士、上士；尉分准尉、少尉、中尉、上尉；校分准校、少校、中校、上校；将分准将、少将、中将、上将、大将；最后是元帅。共计是二十级。所有军队系统的战斗人员、非战斗人员、军事文职人员全部都纳入这个体系。
而在目前阶段，各军区部队的定衔是：各军区司令部、司令、副司令、参谋长、副参谋长定为中将。军长级定为少将；师长级定为准将；旅长级定为上校；团长级定为中校；营长级定为少校或准校；连长级定为上尉；排长级定为中尉或少尉；班长定为准尉或上士。
士兵入伍之后，即为列兵，然后依据战功，成绩，可获得逐级军衔；其他非战斗人员、文职人员则按各自的入伍的时间、资励、功劳、官职，也都被授于相应的军衔。
当然总体来看，军衔定得都不算高，最高的也就是中将；这是因为商毅考虑到，以后还有大战要打，各人的晋级机会都还很大，因此也要留出一定的余地来。
军衔是只有军队人员才会被授于的级别制度，与品级并没有直接的对应的品级，另外每一级的军衔都有相应的标志，主要还是表现在肩章和胸章上。在任何时候，任何地点都可以佩带。同时除少数重大仪式之外，军人可以以行军礼来取代其他的礼节，包括跪拜的大礼。这也是商毅为了提高军人的社会地位，而做出的明确规定。
而军人还有另外一向荣誉，就是佩戴郧章。商毅很早在军队中颁发郧章，不过那时的郧章比较随意，没有一个统一的标准，现在也正式确定下来，郧章分为三等，甴低到高，依次为青龙勋章、赤龙勋章、黄龙勋章、每一种又分单龙、双龙、双龙宝星三种。一共是九种勋章，按功劳大小，可获得相应的奖励。
当然勋章并不仅仅只是奖励给军人，其他官员，甚致是普通百姓，也都可被授于勋章。但只有军人才能被授于黄龙勋章。
不过在军队编制，以及军衔的方案确定下来之后，就有人向商毅进言，现在南京政府的军队分为五个军区，其中有四个军区都分驻各地，各自拥兵少则七八万，多则十余万，而南京军区却只有五万人马，正是强枝弱杆，要防备各地军区割据一方，不听调令，因此建议商毅向各地军区派遣亲信，出任监军，以监视各个军区的动静。
其实在军队里派遣监军，是历代以来皇帝控制军队的必用手段之一，而且监军基本上都是由宦官太监出任，因为以皇帝的心态来说，正常的人都是不可靠，唯有不是正常人的宦官，对皇权才沒有实质性的威胁，这也就是为什么历代都对太监干政深恶痛绝，但皇帝却偏偏使用太监的原因。
但现在商毅身边没有太监，而且在将来商毅也不打算用太监，另外商毅也不准备使用监军制度，因为监军制度虽然可以帮助皇帝更好的控制军队，但却是以牺牲军队的战斗力为代价的。在主将和监军之间，代表着各自不同的利益，而且双方的责权难以分清，因此往往是很难相处得得好。上层不和的军队，当然无法全心打仗了。
不过商毅到也并不太但心，在自己内部会出现军阀割据的情况。这到不是说商毅完全相信部下各将对自己的忠诚度，当然到目前而言，各军区对商毅的忠诚度都很高，还没有出现过或明或暗违返商毅的命令的情况，但这仅仅也只是遐免军阀割据的一个条件，重要的是因为中华军的组建情况和历代都不相同。
在中国古代，一直都存在两种组军方式，一是以由朝廷出面，进行组军，但这一般都是在一个王朝的前期，国力较为雄厚，而且政治上也比较清明，能够充份发军全国的力量，建立一支强大的军队，如汉、唐、宋、明的前期都是如此。
而到了王朝的中后期，由于国力下降，政治腐败，朝廷原有的军队己经腐化，而且朝廷的执行力也大大下降，无力再重新组军，就出现了个人能力比较强的将才自已组军的行为。其中又是以戚家军组军方式最好，也为后世的经代所推崇，不过在戚家军之间，南宋的岳家军其实也是这种模式，还包括明末的辽东军、清末的湘军、淮军都是釆用这种方式组军。
但这种组军的方式,是以同乡亲情为纽带，以对主将的个人忠诚为保障，并且带有很强的个人色彩，军队的实力大半取决于主将的个人能力，在短期内确定可以形成相当的战斗力，但不能维持长久，另外也容易成为某一人的私军。像清末的湘军、淮军，刚成军时确实战斗力不错，但十几年后就跨得十分历害。包括岳家军、戚家军也是一样，在岳飞、戚继光死后，军队的战斗力也在下降。
商毅从山东起事时，其实也是釆用的这种模式，包括在很长一段时间，军队的名字都被叫做商家军。但他毕竟是来自未来的人，当然知道这种组军模式的优劣，因此在占领浙江之后，就立刻开办军校，系统的培养军队骨干，实际是采用近代国家建军方式。当然在军校中也会重点强调对商毅的忠心。
尽管不是每一名士兵都是从军校毕业出来，但绝大多数的军官都经历过了中短期的军校培训，因此士兵军官的自身素质不仅可以得保障，加强了他们对商毅的忠诚度，也减少了对各军主将的心理依附力。
另外除了山东战区之外，士兵的钱粮军饷全部都是由统战部直接供应，并派人下发到各军中，这样不仅降低了吃空饷，苛扣军饷的事情发生，而且也断绝了各军的主将插手军饷发放的事务，没有财政权，自然也就无法派脫受统战部控制。当然在战事紧息的时候可以由各军主将暂时代理，一但战事结束，这项权利就会被统战部马上收回。军区不插有地方财政.
还有一点，中华军是一支以火器为主的部队，枪炮火药的生产也都被牢牢控制在统战部的手里，这样一来，各地的军队也就无法摆脫对统战部的控制，也就无从独立。
当然只有山东军区是一个例外，在商毅占领浙江之后，山东地区实际是由周少桓在管理，周少桓不仅是商毅十分看重培养的年轻将领，同时也是周氏一系的重要人物，山东地区的其他将领，如唐镇、童大勇、蒋义渠、鲍铜钢等人，也都是山东系的主要人物。由于商毅鞭长莫及，因此山东地区一直都享有很大的自治权。
经过近四年的发展，现在的山东地区管辖的地方约十万平方公里的土地，拥有三百万左右的人口。已经在山东地区建立了军校、兵工厂、服装厂、车辆厂等一糸列相关工厂，基本能做到自给自足。周少桓等人也是功不可没。当然这也和商毅的充份信任和放权分不开。
不过商毅也从来就没有放松过对山东军区的控制，当然这种控制并非是安插什么督军，而是靠完善制度和长期坚持严格管理。
首先是商毅在山东安排孟宏恭处理民政、行政事务；孟宏恭并不属于周家的派糸，尽管他仍然要听命于山东军区，但至少可以让军区不能直接插手民政工作。其次是加强对山东的财政管理，每月、毎季、毎年的财政报表都必须准时送到统战部来，好让商毅清楚，山东军区的财政状况和毎一笔开支的用途，也让山东军区的各级官员们不能轻易藏私舞弊。
而在山东军校也被商毅定位于凤凰军事学院山东分院，教官师资主要都是由浙江这边派遣过去，由于山东战区的战事并不多，因此山东分院还定期派遣学员到杭州来学习，从军事教育这一环就开始加强对山东军队的控制。
另外山东兵工厂只能生产一般的火枪火炮，手榴弹等武器，重点的雷汞技术、线膛枪、重型火炮等高尖武器，依然控制在杭州兵工厂里。
最后还有一点，周少桓的父亲周世奇和兄长周少卿这时全部都在江南任职，虽然都是位高权重，也很受商毅的信任，但从另一角度看，说他们是商毅留在南方的人质，也不算错。
因此综合这么多因素来看，在南京政府内部，最后可能发展成为独立势力的山东军区，实际独立的可能性也并不大。