联合舰队返航之后，先在登州靠岸，第二分舰队仍然留在登州，并且不时在渤海湾内巡视，给清廷施加压力，迫使清廷在渤海湾沿岸驻扎足够的兵力驻守。随后成钢才带领着剩余的舰队以及郑成功的舰队返回杭州的海军基地。然后成钢又和郑成功押运着俘虏，来到南京，面见商毅。
这一次海军出击，取得十分完美的胜利，也确实为这次进攻清廷开了一个好头，因此商毅也对成钢的表现十分满意，不过成钢的军衔是中将，在中华军里，己算最高级别，而目前战事才刚刚开始，不宜马上就晋升，商毅也决定，奖励给他一枚黄龙双龙宝星勋章。作为对这一次胜利嘉奖。
黄龙双龙宝星勋章是南京政府的九种勋章中最高级的一种，只有军人才能获得，而且这也是设立九种勋章以来，第一次有军人获得这种勋章，也是一份意义非常重大的荣誊。
同时商毅也按照成钢所报的战功，对海军的官兵们也进行了嘉奖，有一大批军官士兵都得以晋升，各种勋章就派发了一百多枚。
成钢心满意足的离开南京，返回杭州驻守。而商毅又接见了郑成功。在这一次战斗中，郑成功的舰队也表现得相当出色，战死的人数甚致还在伏波军之上，只是他们是客军的身份，并不是商毅的部下，因此没有得到勋章一类的奖励。
不过能够和中华军一起，取得这一战的胜利，走出了自己报仇的第一步，郑成功也十分满意了。见了商毅之后，也拜谢不己。
商毅摆了摆手，道：“明俨，你也不用谢我了，这一次出战，你们也出力了不少。不过有一件事情我必须告诉你，我刚刚收到清廷的消息，令尊大人已被清廷削去官职，降为平民，并限足北京城內，无令不得外出。”
郑成功听了，心里也不禁默然起来，虽然对父亲的劝降信，他都是义正词严的回复，甚致在信中对郑芝龙大加指责，但这有一大半是做给清廷看得，毕竟是骨肉致亲，在郑成功心里，对父亲和几个弟弟都是十分牵挂。而这次郑芝龙被罢官，不用说也是受了自己的连累。因此沉默了好一会儿，郑成功才道：“父亲若是早听我言，又何至如此。现在能够得以苟延到今日，亦不幸之幸也！但成功唯有先国而后家。”
商毅拍了拍郑成功的肩膀，道：“明俨，令尊的事情，我也深为遗憾，如果机会巧合，我必然尽力解救令尊，脱离虎口。”
郑成功听了，心里也十分感激，道：“王爷待我之恩，成功必当永记于心，父亲之事只能听凭天意，如令成功别无他意，只愿能随王爷一起，继续与清虏作战。”
商毅点了点头，道：“我在下一步，将在山东向清廷动进攻，你能够继续出兵相助，当然很好，不过你的人马现在远在泉州，兵马调动来往不便，因此我打算将海州暂让给你，驻扎人马，停泊船只，这样日后出兵，也更为方便了，你看怎么样。”
郑成功不禁大喜，又向商毅拜首道：“多谢王爷，我立刻就安排人马，在海州驻守。”
商毅道：“不过泉州是你的基业所在，而且广东的尚可喜，本是降清之将，仍不可轻信，因此你也不可放松泉州的守备，使其有机可趁。”
郑成功也点头道：“王爷所言极是，成功定会安排妥当。”
海州就是后世的连云港，位于江苏北部与山东南部交界的海边，对于以水军见长的郑成功来说，确实是一个在靠近清廷前线驻扎陆军的好位置，可以在这里建港停船，利用海路，给自己的陆军运送粮草物资。另外在这个时候，海州的东部的郁州山地区，并没有和大陆相连，而是被一道很窄的海峡分隔出去，成为一个大岛，不仅可以驻扎足够人马，而且位置相对独立，中华军和郑军毕竟是两方不同的人马，如果驻扎在一起，难免会有矛盾发生，这样双方分离开，对各自也都好一些。
而商毅让郑成功在海州驻军，不仅是将郑成功彻底拉上自己的战车，还可以借助郑成功在泉州的兵力，牵制住尚可喜，减少自己的后顾之忧。
当下商毅立刻命令李岩安排郑成功的军队在海州驻扎的事项，而郑成功也让郑鸿逵先带一部份水军战船，接收海州地区，自己带领另一部份战船返回泉州，安排泉州、彰州的布置，然后调集一部份陆军到海州来驻扎。
商毅对郑成功所说，准备进攻山东，其实战斗早己经开始了。
就在成钢带领舰队出发的几天之后，商毅接到山东军区司令员周少桓发回的报告，原来在山东济南府地区发生了农民起义。
这一次农民起义，仍然是北京暴动事件的一次余波。北京暴动发生之后，在清廷各地也产生了不小的震动，各地的满汉矛盾也都引起了不同程度的激化。清军驻守山东的主将是饶余郡王阿巴泰，本身是一个勇武有余，怀柔不足的人。在得知北京暴动，连礼亲王代善也在这次暴乱中身亡，阿巴泰也不禁非常愤怒，因此下令山东各地，对汉族百姓要严加看管，并收缴各家的铁具，编户造册，以防山东境内的汉人也来一次类似的暴动。
而在管制的过程中，清军和一批与清军勾结的当地豪族则趁机巧立名目，强占田地财产，从中聚敛无厌，山东的百姓在清廷的统治下，本来就十分不满，而现在又进行压制，因此在顺治六年（1649年）二月，高苑人谢迁汇聚乡亲赵束乡、丁可泽等人，率千余人在山东高苑一带发起反清起义。
这时清廷在山东约有十万左右的兵力，人马到是不少，但阿巴泰深知中华军最善于在局部集中兵力，逐个击破，因此也不敢轻易分散兵力，将主要的兵力都集中，沿大清河北岸，驻守在济南到兖州一线，在济南府的中东部地区虽然青州府交界，但山地众多，并不是防守的要点，因此驻守的兵力并不多，这也给了起义军以可趁之机。
而且由于山东百姓对清廷的不满情绪己经发展了极限，因此也都纷纷投靠谢迁，因此起义军的势力发展很快，到三月份时，就扩大到了一万余人，转战济南府东中部地区，相继攻克了高苑、新城、长山、淄川等地，杀死了清廷的高苑知县武振华，长山知县周懋臣等人。
在顺治六年三月，起义军攻克淄川城之后，抓获了在城里居住的，被革职居家的乡绅孙之獬。
在三年以前，孙之獬曾向清廷上言，建议清廷治下的所有汉族百姓皆从满俗，易服剃发，从而也引发了清廷下达剃发令，而孙之獬也因此得到了清廷的赏识，一度官运亨通，出任都察院右副都御史兼兵部尚书，招抚江西提督军务。但商毅收复南京之后，清廷在江南的官员纷纷北逃，孙之獬到也机灵，当然也在其列。但逃回了北京之后，清廷的汉官也都恨其无耻，因此借机纷纷弹亥孙之獬弃职之罪，结果清廷将孙之獬革职，只好回到老家安居。
在起义军围攻淄川县的时候，淄川知县刘修己认为孙之獬做过兵部尚书，又招抚过江西，有军事才能，又经过实战锻炼，于是邀请孙之獬帮助自己守城。
而被清廷罢职之后，孙之獬一直都不甘心，盼着能够有机会再被清廷启用，而在他看来，农民起义军不过是一批乌合之众，而且淄川离济南不足三百里，最多五六日，淸廷的援军就可以赶到，因此正是一个向清廷表示自己忠心的大好机会。于是不仅应刘修己所请，招集家人，帮助清军守城，而且还倾尽家财，设立重奖守城的清兵，满以为可以守住淄川，等着援军来到。
那知在谢迁率领起义军进攻到淄川县城的时候，城里的百姓自发组织暴乱，打开城门，放起义军入城，孙之獬听到城破之后，退入自己的住宅。穿上官服，向北遥拜后，欲悬梁自尽。但这时，义军己蜂拥而至，闯入内宅，将孙之獬救下，捆绑起来，押解到县衙。
虽然说清廷下达剃发令，实际是势在必，孙之獬的上言，不过只是一个导火索，但当上了出头鸟，自然也就成为了众矢之的。因此抓住了孙之獬，当然不会放过。于是就在县衙，甴谢迁当众宣布其罪状，用锥子遍刺其身，插上头发，恨声不绝地骂道：“我为汝种发！”
孙之獬自知自己众怒难犯，已无活理，于是破口大骂，只求速死。被他激动的起义军将其口缝上，凌迟而死，还把他在城中的孙子、曾孙杀了个干净。孙之獬一家八口人，全部死在淄川城中。