随着吕宋的华人越来越多，并且许多人并不愿意信仰耶教。
此外，荷兰人也来到东方，开始争夺贸易权。
不管从宗教方面，还是来自明朝和尼德兰人的威胁，西班牙人都再也坐不住了！出于尽快从华商手里抢夺贸易权的目的，西班牙人开始预谋对华人的血腥计划。
以及，让西班牙人觊觎的还有华商那惊人的财富。
1574年冬，林凤船队抵达马尼拉湾，并与西班牙人交战。
在重建中菲贸易关系的过程中，西班牙人貌似对华人华商不错，因为他们有所求。他们需要中国的商品与劳工服务，而且他们希望通过华侨的帮助，实现在中国内地传播“福音”的梦想。其实他们还有一个隐藏很深的野心：侵华。
林凤事件发生后，西班牙官兵对中国人的敌视态度公开化了。
因为财政困难，殖民当局开始对从中国进口的商品征税。以便于征税为借口，实则是担心华人的力量，他们在荒地划了个圈，围上栅栏，要求华侨都住到这里面，不得与西班牙人杂居。这种地方名叫八连（Parian）。
华侨住进八连，苦日子就真的开始了。先是遭到苛捐杂税，敲诈勒索。行动上也受到诸多限制，动辄受罚，连住处不够清洁都能被罚款。此外，华侨被迫从事苦役，如果不去就要缴纳代役金。
1593年，马尼拉总督欲要征讨摩鹿加，征调250名华人去和荷兰人作战。
随征的250名华侨受着西班牙人殖民者的奴役，被当作奴隶一般使唤，在压迫之下，华人终于爆发了起义。
华人们推选哨官潘和五为首领，于半夜举事，首先杀死了西班牙总督，其余数百名西班牙士兵在睡梦中被一一砍死淹死。
潘和五夺取了武器和战舰，就去了安南。还有一些人则是带着钱财回国享受。
潘和五暴动发生后,西班牙总督之子路易斯派出传教士到福建，向福建巡抚陈述自己父亲被杀、战船财物被夺的事实，要求明朝官府处死相关人犯为自己报仇。
巡抚向朝廷奏报了此事，明朝廷一查，居然发现有郭惟太等32名当事人回国了，立刻将他们逮系于狱，以此礼送西班牙传教士回马尼拉。
潘和五事件，使西班牙殖民者对明王朝的海外政策有了明确了解，开始肆无忌惮地对华人施以限制、驱逐等计。
在这种情况下，又突然发生了“机易山事件”，让事态急剧恶化。而“机易山事件”本身，更是源于一个子虚乌有的谎报。
万历三大征后，财政紧张，万历到处派太监弄钱。
一个曾去过吕宋的木匠张嶷投其所好，上书说吕宋有一机易山，“其上金豆自生”。
于是万历就派遣海澄县丞王时和张嶷前往吕宋。西班牙人以示威性态度迎接明朝官员，并诘难明官，说吕宋各矿山早已有主，不可能允许明皇派人来开发。明朝官员碰了一鼻子灰，只好空手而归。
但此事引起了西班牙人的警惕，以及极大的担忧。他们认为中国就要来侵略菲律宾，而菲律宾当地，华侨与西班牙人的比率是20:1，这使西班牙人不得不做最坏的准备。
殖民当局随即一不做二不休，决定展开屠华计划。向社会散布，要对别国用兵，以调集军队，掩人耳目。随后紧急加宽马尼拉的城壕，拆毁华人聚居区的房屋，全面搜查华侨武器，并购买铁器，使华人无寸铁可恃。
西班牙人还挑拔好斗的日本侨民和菲律宾的泰加洛人，主动向华侨社会挑衅寻事，诬蔑华人要造反。
1603年西班牙人举起了屠刀，西班牙人使出诡计，说是登记华人姓名，以方便管理。于是将华人每300人为一队，带入院中，入院就杀。
杀了多批，事情自然不可能不透风，华侨发动起义，返攻马尼拉王城。虽人数众多，但缺乏武器，更没有进攻欧洲式堡垒的经验，导致攻城失败，四散而逃，被西班牙人反扑。最后被围困在仙答洛山，遭到西班牙人灭绝人性的杀戮，死者达到二万五千人。
马尼拉等城内华人的财产、血汗钱40万比索，全部被西班牙人据为己有。
而这场大屠杀，在西方人的历史之中，人数仅仅只有两千五百人！
这场对华人的种族灭绝之后，繁荣热闹的马尼拉一夜之间化为死城，吕宋的各行各业顿时全告瘫痪，交通断绝，商业停顿，种植业、养殖业、服务业全部成了无人之业。
西班牙驻菲律宾总督一面做些表面工作，如部分发还华侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”，一面派人前往澳门，并趁机刺探中国有否进攻菲律宾打算的军事情报。
如此惨绝人寰的大变，万历虽“震悼”，也表示“损威辱国”，面对福建方面群情激愤的兴师伐罪之请，却不敢用兵。
反而倾向于软骨派大臣徐学聚等人的建议，竟把罪责归到潘和五等英雄身上，说什么“奸商前年杀其酋长，积怨蓄憾，有以激之”。
甚至在向西班牙人发出的问谕中，主动说出“中国四民，商贾最贱，岂以贱民举动兵革？”的荒谬绝伦的蠢话。无疑是在示弱宁人。对内，则自欺欺人，说什么此举是为了争取西夷“投款劝顺”，“洒濯其心，以报中国”。
西班牙方面看穿了明廷虚弱胆怯的本质，连这点颜面也不给明朝，对这套官样文章进行了逐条、逐句的批驳，强辞夺理，嚣张恣肆。但西班牙人也有狡猾的一面，在风头上占了上风之后，按明朝的要求归还了难侨的一部分财产，以吸引明朝继续与之进行贸易。
大屠杀后的第二年，中国的商船照样光临吕宋，闽广地方的民众照样去吕宋定居，一切又重新熙熙壤壤，热热闹闹的恢复起来，似乎那场惨烈的杀戮从未存在过一般。
此时，吕宋的华人数量增加达到了3万人。
西班牙人看到华侨经济越来越好，就课以重税，或是想办法为难。华侨受不了起而反抗，他们就进行屠杀。屠杀后，若需要中国的技术和服务，就再让下一批华侨过来。“利用-疑忌-迫害-屠杀”这样四重政策的不断循环。
在1603年至1762年的160年间，5次大屠杀，10万华侨死于非命。